<div dir="ltr"><div>The structure in the new input.xyz file is also pre-distorted with unequal interlayer separations and one layer that is compressed (gallery height of ~3.3 Angstroms).</div><div><br></div><div>-T</div><div><br><br>On Monday, October 22, 2018 at 12:13:02 PM UTC-4, kamalp...@gmail.com wrote:</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi Travis, yeah that's my bad. The input file I attached was the structure after 48 hours of geo_opt. I have attached the original 5X5X5 structure in this post (<a onmousedown="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Finput.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNFNxoposfRyZZc-RlsGL3IiOCpPcw';return true;" onclick="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Finput.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNFNxoposfRyZZc-RlsGL3IiOCpPcw';return true;" href="http://input.xyz" target="_blank" rel="nofollow">input.xyz</a>). I had to slightly modify the CIF file from materials project because the file they provided led to boundary overlap errors in my computation. So I changed the boundary configurations to resolve this. What you mentioned is exactly the issue I am having, I am not sure what I am doing wrong to get the distortions in the structure. I have also attached the final output so far (<a onmousedown="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Finput-pos-1.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNHMHbZKmZtMfNrlxyHPKbcbCh2DZQ';return true;" onclick="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Finput-pos-1.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNHMHbZKmZtMfNrlxyHPKbcbCh2DZQ';return true;" href="http://input-pos-1.xyz" target="_blank" rel="nofollow">input-pos-1.xyz</a>). <br><br>On Monday, 22 October 2018 11:50:30 UTC-4, Travis  wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Is that your initial structure or the one you get after optimization? The one you've attached is heavily distorted but not in the way you describe above. All of the layers have different separations and one layer is highly compressed. Your initial structure should look like the one attached (a 1x1x1 cell denoted '_111' and a 5x5x5 denoted '_555').</div><div><br></div><div>-T</div><div><br></div><br></div></blockquote></div></blockquote></div>