<div dir="ltr"><div>That makes so much sense. Thanks for pointing that out! I will try out the geo_opt with the fixed structure. </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Mon, 22 Oct 2018 at 13:09, Travis <<a href="mailto:polla...@gmail.com">polla...@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>The structure in the new <a href="http://input.xyz" target="_blank">input.xyz</a> file is also pre-distorted with unequal interlayer separations and one layer that is compressed (gallery height of ~3.3 Angstroms).</div><div><br></div><div>-T</div><div><br><br>On Monday, October 22, 2018 at 12:13:02 PM UTC-4, <a href="mailto:kamalp...@gmail.com" target="_blank">kamalp...@gmail.com</a> wrote:</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Travis, yeah that's my bad. The input file I attached was the structure after 48 hours of geo_opt. I have attached the original 5X5X5 structure in this post (<a href="http://input.xyz" rel="nofollow" target="_blank">input.xyz</a>). I had to slightly modify the CIF file from materials project because the file they provided led to boundary overlap errors in my computation. So I changed the boundary configurations to resolve this. What you mentioned is exactly the issue I am having, I am not sure what I am doing wrong to get the distortions in the structure. I have also attached the final output so far (<a href="http://input-pos-1.xyz" rel="nofollow" target="_blank">input-pos-1.xyz</a>). <br><br>On Monday, 22 October 2018 11:50:30 UTC-4, Travis  wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Is that your initial structure or the one you get after optimization? The one you've attached is heavily distorted but not in the way you describe above. All of the layers have different separations and one layer is highly compressed. Your initial structure should look like the one attached (a 1x1x1 cell denoted '_111' and a 5x5x5 denoted '_555').</div><div><br></div><div>-T</div><div><br></div><br></div></blockquote></div></blockquote></div>

<p></p>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to a topic in the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this topic, visit <a href="https://groups.google.com/d/topic/cp2k/MluAKexY174/unsubscribe" target="_blank">https://groups.google.com/d/topic/cp2k/MluAKexY174/unsubscribe</a>.<br>
To unsubscribe from this group and all its topics, send an email to <a href="mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com" target="_blank">cp2k+uns...@googlegroups.com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com" target="_blank">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="https://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank">https://groups.google.com/group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank">https://groups.google.com/d/optout</a>.<br>
</blockquote></div>