<div dir="ltr"><div>Hello Ole,</div><div><br></div><div>Thank you very much for your suggestion.I switched on the debug option and made tests.</div><div>I did not find useful error in the debug output, BUT some error information hints some runtime library problems.</div><div><br></div><div>I made careful examinations and finally I found it was caused my careless misuse of runtime environments.</div><div>I made a lot of tests now everything works smoothly with correct runtime environments. Nothing is wrong withCP2K or the interface.</div><div><br></div><div>Thank you very much again.<br></div><div><br></div><div>Best Regards,</div><div><br></div><div>Geng<br></div><div><br></div><br>在 2018年9月17日星期一 UTC-7下午12:53:28，Ole Schütt写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">Hi Geng,
<br>
<br>could once you run your calculation with debugging enabled:
<br>
<br>   calc = CP2K(debug=True, ...)
<br>
<br>This should give us a better idea about how the communication between 
<br>ASE and the cp2k_shell breaks down.
<br>
<br>-Ole
<br>
<br>
<br>On 2018-09-17 21:29, Geng Sun wrote:
<br>> Hello everyone,
<br>> 
<br>> I encounter some troubles to use cp2k_shell.popt with "srun" command
<br>> on slurm system. I greatly appreciate any help.
<br>> 
<br>> I had some experience to run python-ASE-CP2K interface with
<br>> cp2k_shell.popt successfully. In those successful calculations, I
<br>> defined ASE_CP2K_COMMAND="MPIRUN -np XX cp2k_shell.popt"
<br>> 
<br>> Recently, our group starts to access a large computer cluster, which
<br>> uses the slurm queue system and all the compiled software in the
<br>> system is launched by "SRUN" rather than the "MPIRUN". When I tried to
<br>> use ASE_CP2K_COMMAND="SRUN -n XX  cp2k_shell.popt"  in the new
<br>> clusters, I found that python ase only runs one ionic step (one
<br>> wavefunction optimization) and got stuck. So I can not continue
<br>> structure optimizations correctly.
<br>> 
<br>> I have tested running cp2k directly with srun (without CP2K ase
<br>> interface),  which works smoothly.
<br>> 
<br>> I also tested running a different cp2k compiled by myself (where I can
<br>> use mpirun instead with srun), and in this case, python ase cp2k
<br>> interface works correctly, But I don't get a good performance in my
<br>> compiled version.
<br>> 
<br>> I thought my trouble comes from some different behaviors between SRUN
<br>> COMMAND and MPIRUN COMMAND. I  made some research on how to use srun,
<br>> but unfortunately, I still don't get the answer. So I hope I can find
<br>> a more experienced answer here.
<br>> 
<br>> Thank you very much. I greatly appreciate your time and help!
<br>> 
<br>> Best Regards,
<br>> 
<br>> Geng
<br>> 
<br>>  --
<br>> You received this message because you are subscribed to the Google
<br>> Groups "cp2k" group.
<br>> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send
<br>> an email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="VyK7A__LBwAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp2k+uns...@googlegroups.<wbr>com</a>.
<br>> To post to this group, send email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="VyK7A__LBwAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp...@googlegroups.com</a>.
<br>> Visit this group at <a href="https://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/group/cp2k';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/group/cp2k';return true;">https://groups.google.com/<wbr>group/cp2k</a>.
<br>> For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/d/optout';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/d/optout';return true;">https://groups.google.com/d/<wbr>optout</a>.
<br>
<br></blockquote></div>