<div dir="ltr">Hi Ondrej,<div><br></div><div>I just committed a <a href="https://github.com/cp2k/cp2k/commit/b91fef267be208dd1fc4bc2acadc259e97af108c">patch</a> which adds an input option to disable MPI I/O. Starting from SVN revision 18601, you can set the value of the flag ENABLE_MPI_IO to FALSE in the <a href="https://manual.cp2k.org/trunk/CP2K_INPUT/GLOBAL.html">GLOBAL</a> input section if you want to disable MPI I/O.</div><div><br></div><div>I opened up an issue on the Github <a href="https://github.com/cp2k/cp2k/issues/16">issue tracker</a>, where you can find small benchmark input files for testing the effects of MPI I/O on cube file writing/reading performance. You can also find my benchmark results from two different machines there. Feel free to run the benchmark tests and report your timings.</div><div><br></div><div><br></div><div>BR,</div><div><br></div><div>Nico <br><br>sunnuntai 9. syyskuuta 2018 22.04.17 UTC+3 Ondřej Maršálek kirjoitti:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">Hi Nico,
<br>
<br>thanks for looking into this. I thought I could at least disable it
<br>for now by hardcoding `parallel_write = .FALSE.` (not letting it be
<br>overwritten based on `mpi_io`) in `pw_to_cube`, but that apparently
<br>does not work, it fails later at `CPASSERT(checksum == 1)` (line 150
<br>in 6.1). I'd be happy to provide benchmark numbers for a suitable test
<br>case that show the slowdown, let me know if you'd like those.
<br>
<br>Best regards,
<br>Ondrej
<br>
<br>On Sun, Sep 9, 2018 at 9:08 AM Nico Holmberg <<a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="Kfq-iSjzBgAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">holm...@gmail.com</a>> wrote:
<br>>
<br>> Hi,
<br>>
<br>> My experiences were totally opposite, which is why I made it the default option. Give me a couple of days and I'll add an input option to disable it.
<br>>
<br>> BR,
<br>>
<br>> Nico
<br>>
<br>> --
<br>> You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.
<br>> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="Kfq-iSjzBgAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp2k+uns...@googlegroups.<wbr>com</a>.
<br>> To post to this group, send email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="Kfq-iSjzBgAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp...@googlegroups.com</a>.
<br>> Visit this group at <a href="https://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/group/cp2k';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/group/cp2k';return true;">https://groups.google.com/<wbr>group/cp2k</a>.
<br>> For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/d/optout';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/d/optout';return true;">https://groups.google.com/d/<wbr>optout</a>.
<br></blockquote></div></div>