<div dir="ltr"><div>Actually, I am using Gromacs trjconv tool for this purpose since I have all files I need from classical MD and trajectory from QM/MM MD.</div><div><br></div><div>Thanks Rafał,</div><div><br></div><div>Dawid<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2018-06-26 12:11 GMT+02:00 Rafał Roszak <span dir="ltr"><<a href="mailto:rafal.m...@gmail.com" target="_blank">rafal.m...@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On Mon, 18 Jun 2018 01:00:14 -0700 (PDT)<br>
"'Dawid das' via cp2k" <<a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>> wrote:<br>
<br>
> So in course of MD what I get in XYZ trajectory file is not wrapped by CP2K <br>
> and can I safely wrap those  molecules/atoms later on with a script?<br>
<br>
</span>Yes. I always did it in following way:<br>
1. remove drift (calc center of mass/selected atoms/etc for each frame<br>
and normalize position of all atoms toward to the center)<br>
2. wrap element to simulation box<br>
<br>
Regards,<br>
<br>
Rafał<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="mailto:cp2k%2Bun...@googlegroups.com">cp2k+unsubscribe@googlegroups.<wbr>com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="mailto:cp...@googlegroups.com">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="https://groups.google.com/group/cp2k" rel="noreferrer" target="_blank">https://groups.google.com/<wbr>group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" rel="noreferrer" target="_blank">https://groups.google.com/d/<wbr>optout</a>.<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>