<div dir="ltr">Hi again,<div><br></div><div>so due to the lack of answers I would like to rephrase my question and hope someone might know the answer.</div><div>The setup for the CVs is the same like mentioned above. I found out, that if I plot the summed up FES (with VISIT) processed by the </div><div>graph utility I see completely different energy values for the minima than the ones optained with the -find-minima option.</div><div><br></div><div>So my new question is, how do I use the graph.popt correctly to gain information about minima on the FES and minimum energy pathways between them?</div><div>I really appreciate your help.</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>René Schliemann</div><div><br></div><div><br><br>Am Dienstag, 17. April 2018 11:23:00 UTC+2 schrieb René Schliemann:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">Hello,<br>
<br>
I would like to ask for help concerning the post processing module for
metadynamic simulations included in the CP2K code graph.popt.<br>I am investigating dissolution processes at the mineral surfaces in water. <br>
So far I did some metadynamics calculations with cp2k using three collective
variables (CVs), each of which are coordination numbers of one <br>
specific atom at the surface towards surrounding species on the surface and
OH-groups. <br>
Now the one thing I am wondering about is the following: <br>
With graph.popt module I obtain the FES and respective minima like this:<br>
<i>graph.popt -ndim 3 -ndw 1 2 3 -periodic 1 2 3 -file *-1.restart -find-minima
-cp2k </i><br>
Then I sort the minima by free energy value, from lowest to highest. <br>
After sorting them I search for two minima having specific CV combinations, one
being close to the configuration at the start of the simulation<br>
(tolerance of up to 0.2) and the second is the CV configuration where the
coordination number to surrounding species at the surface becomes<br>
close to zero (again 0.2 tolerance), which means it is dissolved. With the found
CV points from the minima file I run the following:<br>
<i>graph.popt -ndim 3 -ndw 1 2 3 -periodic 1 2 3 -file *-1.restart -find-path
-point-a CV1(start) CV2(start) CV3(start) -point-b CV1(diss) CV2(diss)
CV3(diss) -cp2k</i><br>
What I don’t quite understand is now in the mep.data file the path sometimes go
through a point which is lower in free energy than the global<br>
minimum found by the minima search. How is this possible, can I somehow correct for this or do I have to change sth. in the CV setup?<br>
If you need anymore insight or maybe some files just tell me.<br>
I would appreciate your help. Thank you in advance.<br>
<br>
Best regards,<br>
René Schliemann<br>
<br>
</span></div></blockquote></div></div>