<div dir="ltr"><div>Dear CP2K Users,</div><div><br></div><div>I am doing QM/MM MD simulation using PBC only for MM part (the QM cell is not periodic). My cell is <br></div><div>orthorombic and I am a bit surprised as in course of simulation some water molecules drift away to vacuum <br></div><div>when I use VMD to visualize my trajectory.</div><div><br></div><div>Now, I am aware that if PBC work it does not matter as the image of this molecule "enters on the other side"</div><div>however this visualization makes me to ask a question whether I do my setup correctly.</div><div><br></div><div>So in course of MD what I get in XYZ trajectory file is not wrapped by CP2K and can I safely wrap those <br></div><div>molecules/atoms later on with a script? In other words, does CP2K save only coordinates of molecules <br></div><div>found in starting geometry but not its images as they leave the box?</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Dawid</div><div><br></div><div>PS This is part of my input that should simply apply PBC, am I right?</div><div><br></div><div>  &MM</div><div>    &POISSON<br>      PERIODIC XYZ<br>      POISSON_SOLVER PERIODIC<br>      &EWALD<br>        EWALD_TYPE SPME<br>!3.5/12 Angstrom<br>        ALPHA .292<br>        GMAX  32 32 16<br>        EWALD_ACCURACY 1.0E-6<br>      &END EWALD<br>    &END POISSON<br></div><div>  &END MM</div><div><br></div><div>  &SUBSYS<br>    &CELL<br>      ABC [nm] 7.60236   6.53052   6.03591<br>      ALPHA_BETA_GAMMA 90 90 90<br>      PERIODIC XYZ<br>!     SYMMETRY ORTHORHOMBIC<br>    &END CELL<br><br></div></div>