<div dir="ltr"><div>Dear CP2K Users,</div><div><br></div><div><br></div><div>If I cut the bond between QM and MM subsystems and I call the frontier atoms QM1 and MM1, <br></div><div>respectively then I have an issue with my hydrogen link atom (IMOMM) because it is placed exactly in <br></div><div>the position of the MM1 atom. <br></div><div><br></div><div>How can I solve this? I want the QM1-H distance to be 1.0 Angstrom and the QM-H-----MM1 atoms <br></div><div>are colinear.</div><div><br></div><div>Best wishes,<br>Dawid Grabarek<br></div><div><br></div>W dniu wtorek, 7 lipca 2015 23:48:34 UTC+2 użytkownik Vojtech Mlynsky napisał:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Dear cp2k users.<div><br></div><div>I would like to run QM/MM calculation using CP2K code.</div><div>I need to cut covalent bonds in my system, which requires usage of link atoms.</div><div><br></div><div>I am not sure, if I understood correctly the way how to specify them (section LINK).</div><div><br></div><div>The keywords are:</div><div>QM_INDEX --> should that be the index of QM atom at the QM / MM boundary.</div><div>MM_INDEX --> index of MM atom at the QM / MM boundary</div><div>QM_KIND --> type of link atom substituting MM atom specified by MM index.</div><div><br></div><div>Is that right?</div><div><br></div><div>Are there other 'tricky things' that need to be specified? For example, does it matter which bonds (i.e., C - C, C - N,..) are cut, or the code will adjust that automatically? </div><div><br></div><div>Thanks in advance for reply.</div><div><br></div><div>Vojtech.</div></div></blockquote></div>