<div dir="ltr"><div>Dear CP2K Users,</div><div><br></div><div>I am completely new to CP2K and I would like to perform QM/MM molecular dynamics simulation of protein <br></div><div>solvated in a box of water with counterions (system is neutral).</div><div><br></div><div>I would like to do it at the B3LYP/GPAW or B3LYP/GPW level of theory for QM subsystem and CHARMM22 <br></div><div>force field for classical part. I use link atoms approach, PBC (at least for electrostatics in classical part, <br></div><div>I don't know how about the QM part yet) and electrostatic embedding. I think these are the most important <br></div><div>points of what I want to do.</div><div><br></div><div>I went through exemplary inputs for QM/MM MD simulations I could find on this group and on CP2K website</div><div>and there is one thing however I cannot overcome but I think I know the source of issue.</div><div><br></div><div>My protein is a fluorescent protein and I have definition of non-standard atom types in my CHARMM force <br></div><div>field.</div><div>At the end of the log I get following error:</div><div><br></div><div><span style="font-family: courier new, monospace;"> ****************************************************<br> *** ERROR in read_qs_kind (MODULE qs_kind_types) ***<br> ****************************************************<br><br> *** No &KIND section was possible to associate to the atomic kind <O>.    ***<br> *** The KIND section were also scanned for the corresponding element <O>  ***<br> *** and for the DEFAULT section but no match was found. Check your input  ***<br> *** file!                                                                 ***<br><br> *** Program stopped at line number 1840 of MODULE qs_kind_types ***</span><br></div><div><br></div><div>I don't really know how to proceed further...</div><div>I guess CP2K cannot recognize correctly MO3, MOH, MN3, etc. types as oxygen, nitrogen, etc.</div><div>I tried to play with &KIND section but I'm not really sure how to make it to make sense.<br></div><div>I attach my input  files and I will be grateful for any explanations. The QM subsystem is for <br></div><div>now very small as I just want to start off a simulation to check whether it works or not.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Dawid Grabarek<br></div></div>