<div dir="ltr"><img width="0" height="0" class="mailtrack-img" alt="" style="display:flex" src="https://mailtrack.io/trace/mail/d3465a1c5a74dc8fd8cfcd26f58a57e2122c763e.png?u=1370352"><div></div>Dear All,<div><br></div><div>I am trying to reproduce the following article: </div><div><br></div><div><div>Free Energy Barriers for the N-Terminal Asparagine to Succinimide Conversion: Quantum Molecular Dynamics Simulations for the Fully Solvated Model; Kaliman <i>et al.; </i>JCTC 2010, 6, 184-189.</div><div><br></div><div>As of now, I am trying to run the BOMD equilibration step in CP2K. For orbital transformation, the authors had used a method described in the following article:</div><div><br></div><div><div>VandeVondele, J.; Hutter, J. J. Chem. Phys. 2003, 118, 4365-4369.</div></div><div><br></div><div>According to this method, how does the OT section of my CP2K input file look like? Especially what MINIMIZER and PRECONDITIONER should I use? According to my understanding, I tried to use DIIS as minimizer and FULL_SINGLE as the preconditioner. When a submitted the job in 2 nodes, it came with the following error:</div><div><br></div><div><div>*   ___                                                                       *</div><div> *  /   \                                                                      *</div><div> * [ABORT]                                                                     *</div><div> *  \___/    Cholesky decompose failed: the matrix is not positive definite or *</div><div> *    |                              ill-conditioned.                          *</div><div> *  O/|                                                                        *</div><div> * /| |                                                                        *</div><div> * / \                                                  fm/cp_fm_cholesky.F:94 *</div></div><div><br></div><div>So, I tried with following two options separately:</div><div><br></div><div>1) with "CHOLESKY OFF"</div><div>2) with CG minimizer and FULL_SINGLE_INVERSE preconditioner,</div><div><br></div><div>but in both cases, I got the same error as previous.</div><div><br></div><div>Furthermore, when I tried to submit the job in a single node, it ran, but after 1.7 ps, some bonds broke which is not at all expected.</div><div><br></div><div>What could be the reason(s) behind all these anomalies? Any help would be greatly appreciated.</div><div><br></div><div>By the way, I ran all these simulations in CP2K 4.0 with GPU acceleration.</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">Sudip Das<div><br><div>PhD Student</div><div>C/o. Prof. S. Balasubramanian</div><div>Molecular Simulations Lab</div><div>Chemistry and Physics of Materials Unit (CPMU)</div><div>Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research (JNCASR)</div><div>Bangalore, India</div></div></div></div></div>
</div>‌</div>