<div dir="ltr">Hello everybody,<div>I have same the problem, " Is there any rules to set the value of R_CUTOFF?"Could we set it to  1/2 (2.5 sigma) in Lenard johns interactions?</div><div>Thank you in advance<br><br>On Tuesday, October 1, 2013 at 2:43:48 PM UTC+2, hua...@mail.huji.ac.il wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div><font style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">Dear All,</font><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">I am a newbie to CP2K. I have a project on benzene-water cluster and I would like to run MD simulation using DFT PBE functional. </div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">I have some questions on choosing basis set and parameters for MD simulation. However, after I checked the examples or CP2K reference, I did not get any answers.</div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">In the example file of /opt/cp2k/test/QS/regtest-dft-<wbr>vdw-corr/dftd3_t1.inp, it used two different basis set for one system, like,</div><div><div>    &KIND H</div><div><font color="#0000ff">      BASIS_SET DZV-GTH</font></div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q1</div><div>    &END</div><div>    &KIND C</div><div><font color="#0000ff">      BASIS_SET DZVP-GTH</font></div><div>      POTENTIAL GTH-PBE-q4</div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">Is that OK? I mean if there is an argon atom in my cluster, as basis set not always including all the atoms after the 3rd period, can I choose different basis set for calculation?</div></div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">In the section of  DISPERSION_FUNCTIONAL, I saw another example like,</div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><div><div>      &vdW_POTENTIAL</div><div>         DISPERSION_FUNCTIONAL PAIR_POTENTIAL</div><div>         &PAIR_POTENTIAL</div><div>            TYPE DFTD3</div><div>            PARAMETER_FILE_NAME ../dftd3.dat</div><div>            REFERENCE_FUNCTIONAL PBE</div><div>            CALCULATE_C9_TERM T</div><div><font color="#0000ff">            R_CUTOFF 7.</font></div><div>         &END PAIR_POTENTIAL</div><div>      &END vdW_POTENTIAL</div></div><div><br></div><div></div></div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">the R_CUTOFF parameter is set to 7. The description in the CP2K reference is too brief to understand.</div><div><div><font face="Times New Roman"><i>       R_CUTOFF 24.0</i></font></div><div><font face="Times New Roman"><i>       Range of potential. The cutoff will be 2 times this value  [Edit]</i></font></div><div><font face="Times New Roman"><i>       This optional keyword cannot be repeated and it expects precisely one real.</i></font></div><div><font face="Times New Roman"><i>       Default value: 1.05835442E+01</i></font></div><div><font face="Times New Roman"><i>       Default unit: [angstrom]</i></font></div></div><div><font face="Times New Roman"><i><br></i></font></div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">Is there any rules to set the value of R_CUTOFF? Is there any relationships with what kinds of potential I chose?  Or for what kind of system (contained what kinds of atoms), the R_CUTOFF value should be increased or reduced? </div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px"><br></div><div style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:13px">Another question is what's the difference between DFTD3 and DFTD2? Which one is more suitable for the weak interaction such like pi-hydrogen bond? I did not find any description in the CP2K input reference.</div></div><div><div><i>    TYPE DFTD2</i></div><div><i>   Type of potential:</i></div><div><i>     DFTD2 → Grimme D2 method</i></div><div><i>     DFTD3 → Grimme D3 method</i></div><div><i>   [Edit]</i></div><div><i>   This optional keyword cannot be repeated and it expects precisely one keyword.</i></div><div><i>   Default value: DFTD3</i></div><div><i>   List of valid keywords:</i></div><div><i>   DFTD2</i></div><div><i><font color="#0000ff">    Without description, yet.  [Edit]</font></i></div><div><i>   DFTD3</i></div><div><i><font color="#0000ff">    Without description, yet.  [Edit]</font></i></div></div><div style="font-family:arial;font-size:small"><br></div><div style="font-family:arial;font-size:small">I appreciated it very much for any of you can give me explanations or suggestions on choosing those parameters. Thank you.</div><div style="font-family:arial;font-size:small"><br></div><div style="font-family:arial;font-size:small">Best regards,</div><div style="font-family:arial;font-size:small">Huan</div><div style="font-family:arial;font-size:small"><br></div><div style="font-family:arial;font-size:small"><br></div><div></div></div></blockquote></div></div>