<div dir="ltr"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;
mso-fareast-font-family:"Times New Roman";mso-ansi-language:DE;mso-fareast-language:
DE;mso-bidi-language:AR-SA">Hello,<br>
<br>
I would like to ask for help concerning the post processing module for
metadynamic simulations included in the CP2K code graph.popt.<br>I am investigating dissolution processes at the mineral surfaces in water. <br>
So far I did some metadynamics calculations with cp2k using three collective
variables (CVs), each of which are coordination numbers of one <br>
specific atom at the surface towards surrounding species on the surface and
OH-groups. <br>
Now the one thing I am wondering about is the following: <br>
With graph.popt module I obtain the FES and respective minima like this:<br>
<i>graph.popt -ndim 3 -ndw 1 2 3 -periodic 1 2 3 -file *-1.restart -find-minima
-cp2k </i><br>
Then I sort the minima by free energy value, from lowest to highest. <br>
After sorting them I search for two minima having specific CV combinations, one
being close to the configuration at the start of the simulation<br>
(tolerance of up to 0.2) and the second is the CV configuration where the
coordination number to surrounding species at the surface becomes<br>
close to zero (again 0.2 tolerance), which means it is dissolved. With the found
CV points from the minima file I run the following:<br>
<i>graph.popt -ndim 3 -ndw 1 2 3 -periodic 1 2 3 -file *-1.restart -find-path
-point-a CV1(start) CV2(start) CV3(start) -point-b CV1(diss) CV2(diss)
CV3(diss) -cp2k</i><br>
What I don’t quite understand is now in the mep.data file the path sometimes go
through a point which is lower in free energy than the global<br>
minimum found by the minima search. How is this possible, can I somehow correct for this or do I have to change sth. in the CV setup?<br>
If you need anymore insight or maybe some files just tell me.<br>
I would appreciate your help. Thank you in advance.<br>
<br>
Best regards,<br>
René Schliemann<br>
<!--[if !supportLineBreakNewLine]--><br>
<!--[endif]--></span></div>