<div dir="ltr">Thanks Noam!<br><br><br><br>On Thursday, March 15, 2018 at 11:39:12 PM UTC+5:30, Noam Bernstein wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><br><div><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 15, 2018 at 5:26 AM, Rahul Hardikar <span dir="ltr"><<a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="tNcRB4UyAQAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">hardi...@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Experts,<br><br>How can one understand the equilibration when using an adaptive buffer force QM/MM simulation. The reason is that when I plot the K.E., T and P.E. over the trajectory<br>there are jumps in P.E. due to change in number of atoms in the QM_CORE and QM_BUFFER regions. The K.E. and T however do not show these jumps at all.<br>What is the best way to scale the P.E. in order to see/show the equilibrated region. Please find the plot attached for your reference.<br></div></blockquote><div><br></div><div>The ad-buf QM/MM does not conserve energy - the only thing it tries to do is always have reasonable forces.  Since forces are the only thing that matters to the trajectory, the MD will continue, and nothing in particular should happen to KE even though PE is discontinuous.  I don't understand why this has anything to do with equilibration, though.</div><div><br></div><div>            Noam</div></div></div></div>
</blockquote></div>