<div dir="ltr">Dear Experts,<br><br>How can one understand the equilibration when using an adaptive buffer force QM/MM simulation. The reason is that when I plot the K.E., T and P.E. over the trajectory<br>there are jumps in P.E. due to change in number of atoms in the QM_CORE and QM_BUFFER regions. The K.E. and T however do not show these jumps at all.<br>What is the best way to scale the P.E. in order to see/show the equilibrated region. Please find the plot attached for your reference.<br><br>Thanks in advance,<br>Rahul<br></div>