<div dir="ltr">Hi,<div>I figured out the problem.  I had compiled fftw3 and libxc specifically setting 'F77=gfortran'.  I rebuilt them using the settings in the tools/toolchain/scripts.  This took care of the f77 error.  Then, I changed my input line in the submit script to explicitly call the number of nodes from mpirun:</div><div>"mpirun -np 4 /cluster/home/tanoury/CP2K/cp2k-5.1/exe/CP2K_gnu-mkl/cp2k.popt ${1} > cp2k.output"</div><div><br></div><div>CP2K is running as expected.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Jerry<br><br>On Friday, February 16, 2018 at 3:43:48 PM UTC-5, Jerry Tanoury wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi,<div>I have successfully built a popt version of CP2K 5.1, and it passed all regtests except for two.  The arch and error files are attached.  However, when I try to run this on our cluster (SGE queuing), the job either crashes, or only runs on 1 core when requesting 4 cores.  My submit script is attached, as well as the error output file from SGE.  </div><div><br></div><div>A few things about the submit script:</div><div>- I source the intel compilers and libs, as well as openmpi before submitting.  So, all required paths are passed to the nodes with #$ -V.</div><div>- When I do not set OMPI_MCA_mpi_warn_on_fork 0, the job crashes with the warning below.  </div><div><br></div><div><div>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------</div><div>A process has executed an operation involving a call to the</div><div>"fork()" system call to create a child process.  Open MPI is currently</div><div>operating in a condition that could result in memory corruption or</div><div>other system errors; your job may hang, crash, or produce silent</div><div>data corruption.  The use of fork() (or system() or other calls that</div><div>create child processes) is strongly discouraged.</div><div><br></div><div>The process that invoked fork was:</div><div><br></div><div>  Local host:          [[25312,1],0] (PID 5268)</div><div><br></div><div>If you are *absolutely sure* that your application will successfully</div><div>and correctly survive a call to fork(), you may disable this warning</div><div>by setting the mpi_warn_on_fork MCA parameter to 0.</div><div>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--------------</div></div><div><br></div><div>Is there anyone experienced with running CP2K jobs using SGE queuing?</div><div><br></div><div>Does anyone have a SGE submit script that works, and/or do I need to set up a unique pe for CP2K?</div><div><br></div><div>Thank you for the help,</div><div>Jerry</div></div></blockquote></div></div>