<div dir="ltr">Dear ALL,<br><br>I have problems with preparing system for ab initio molecular dynamic simulation of phenyletilamine (PEA). I need to do something similar to this: <a href="https://www.cp2k.org/exercises:2015_cecam_tutorial:urea">https://www.cp2k.org/exercises:2015_cecam_tutorial:urea</a> but with PEA and pure AIMD, not QM/MM. I have issues with first part, to be more accurate I'm failing to reach the point where I can use files <a href="http://cp2k.org/static/exercises/2015_cecam_tutorial/UREA/Files/mol_solv.crd">Files/mol_solv.crd</a> and <a href="http://cp2k.org/static/exercises/2015_cecam_tutorial/UREA/Files/mol_solv.top">Files/mol_solv.top</a> which are obtained with leap.  I've tried to follow all kind of tutorial on the web, but they are all connected to larger systems, such as protein ones. None of them is dealing with these small organic molecules such PEA.<br><br>I'd really appreciate if somebody could point me directions how to reach my goal since I',m beginner with these things. It does not have to be AmberTools software package to reach my goal to be clear.<div><br></div><div>Thanks in advance!!</div><div>Bests,</div><div>Bane</div></div>