<div dir="ltr"><div>Hi, everyone,</div><div><br></div><div>The problem has been solved,  I added </div><div><div>    NOCOMPATIBILITY</div><div>    USE_GEEP_LIB 6</div></div><div>in the &QMMM subsection. And then I added </div><div><div>    &MGRID</div><div>        COMMENSURATE .TRUE.</div><div>    &END</div></div><div>in the &DFT subsection.</div><div><br></div><div>Now CP2K run successfully.</div><br>在 2017年12月7日星期四 UTC+8下午9:34:27，Tianshu Jiang in Beijing写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div> &DFT</div><div>    CHARGE 0</div><div>    &QS</div><div>      METHOD PM6</div><div>      &SE</div><div>         &COULOMB</div><div>           CUTOFF [angstrom] 12.0</div><div>         &END</div><div>         &EXCHANGE</div><div>           CUTOFF [angstrom] 12.0</div><div>         &END</div><div>      &END</div><div>    &END QS</div><div>    &SCF</div><div>      MAX_SCF 30</div><div>      EPS_SCF 1.0E-6</div><div>      SCF_GUESS ATOMIC</div><div>      &OT</div><div>        MINIMIZER DIIS</div><div>        PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE</div><div>      &END</div><div>      &OUTER_SCF</div><div>        EPS_SCF 1.0E-6</div><div>        MAX_SCF 10</div><div>      &END</div><div>      &PRINT</div><div>        &RESTART OFF</div><div>        &END</div><div>        &RESTART_HISTORY OFF</div><div>        &END</div><div>      &END</div><div>    &END SCF</div><div>    #&EXTERNAL_POTENTIAL</div><div>    #   FUNCTION 0.0000001*(X^4+Y^2+Z^2)</div><div>    #&END</div><div>    &PRINT</div><div>        &MO_CUBES</div><div>            NHOMO 1</div><div>            NLUMO 1</div><div>            WRITE_CUBE .TRUE.</div><div>            &EACH</div><div>                MD 500</div><div>            &END</div><div>        &END MO_CUBES</div><div>    &END PRINT</div><div>  &END DFT</div><div><br></div><div>The above is the  setting in the force_eval_qm.inc. After checked it carefully, I find out that my method is PM6 (semi-empirical).</div><div>Then I changed the simulation to DFT calculation(I delete the &SE subsection). But the error tells </div><div><br></div><div><div> No &KIND section was possible to associate to the atomic kind <O>. *</div><div>   The KIND section were also scanned for the corresponding element  *</div><div> and for the DEFAULT section but no match was found. Check your *</div><div>                                input file! </div></div><div><br></div><div>First I should change the whole simulation to DFT level. I deleted the &SE subsection. Then I added &XC subsection and </div><div>some basis set and potential file into it. </div><div>The couple style I choose is Gauss, but there appears the error "Radius Value not found in MM_POTENTIAL file-- qmmm_gaussian_input.F:<wbr>214".</div><div>What should I add into the MM_POTENTIAL file?</div><div><br></div><div>Appreciate for your reply !</div><div><br></div><div><br></div><br>在 2017年12月7日星期四 UTC+8下午4:46:25，Matt W写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi again,<div><br></div><div>sorry, I wanted to check that you are running DFT? You cannot print cubes for DFTB or semiempirical methods or some other Hamiltonians.</div><div><br></div><div>If you are running DFT, then you should get the cube files.</div><div><br></div><div>Matt<br><br>On Thursday, December 7, 2017 at 2:23:00 AM UTC, Tianshu Jiang in Beijing wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi, Matt.<div><br></div><div>The &DFT subsection located under the &FORCE_EVAL subsection. But not under the &QMMM subsection or &QM subsection.</div><div><br></div><div><div>&FORCE_EVAL</div><div>  METHOD QMMM</div><div>@INCLUDE ${ROOT}/Files/force_eval_mm.<wbr>inc</div><div>@INCLUDE ${ROOT}/Files/force_eval_qm.<wbr>inc</div><div>  &QMMM</div><div>      &CELL</div><div><br></div><div>The DFT settings is included in force_eval_qm.inc.</div><div>The total steps of MD I set is 2000 steps</div><div><br></div><div><div>&MOTION</div><div>  &MD</div><div>    ENSEMBLE NVT</div><div>    STEPS 2000</div></div><div><br></div><div>But there is no any file with a cube postfix in the current directory. </div><div>So where could be the problem?</div><div><br></div><div><br></div><br>在 2017年12月7日星期四 UTC+8上午12:52:57，Matt W写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Are you running DFT as the QM part?<div>Have you run for 1000 steps?</div><div><br></div><div>Matt<br><br>On Wednesday, December 6, 2017 at 12:12:18 PM UTC, Tianshu Jiang in Beijing wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"> Hi everyone,<br><br>I want to print the cube file according to the following settings in a QMMM simulation.  <br>  &PRINT<br>        &MO_CUBES<br>            NHOMO 1<br>            NLUMO 1<br>            WRITE_CUBE .TRUE.<br>            &EACH<br>                MD 1000<br>            &END<br>        &END MO_CUBES<br>    &END PRINT<br>  &END DFT<br><br>Because it is QMMM simulation, the &FORCE_EVAL subsection consists of two parts: QM part and MM part.<br>I print the *cube file in the &DFT settings.<br>But there is no such *.cube file in the current directory.<br>So, where is the problem ?<br><br>Thanks for your reply !<br></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></blockquote></div>