<div dir="ltr"><div><br></div>Hi Alex, <div><br></div><div>the connectivity is usually not needed for a DFT calculation.</div><div>Is there any particular reason why you want cp2k to generate the connectivity?</div><div>Anyway, the input part that is related to that is the SUBSYS section and not the DFT one.</div><div>Regards</div><div>Marcella</div><div><br><br>On Thursday, November 23, 2017 at 3:02:52 AM UTC+1, Alex wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I have a system that contains a molybdenum disulfide (MoS2) sample and a charged (+1) potassium ion. The MoS2 structure itself gets energy-minimized without any issues, but in combination with this ion I get a nonstop stream of GENERATE warnings like this: </div><div><br></div><div><div><br></div><div> GENERATE|  Preliminary Number of Bonds generated:                           360</div><div><br></div><div> GENERATE| WARNING in connectivity generation!</div><div> GENERATE| Two molecules/residues named (MOL1) have different  number of atoms.</div><div> GENERATE| Molecule starting at position (13) has Nr. <0> of atoms.</div><div> GENERATE| while the other same molecules have Nr. <162> of atoms!</div><div> GENERATE| Increasing bondparm_factor by 1.05.. An error was found in the generated</div><div> GENERATE| connectivity. Retry...</div><div> GENERATE| Present value of BONDPARM_FACTOR (   Infinity ).</div></div><div><br></div><div>When I replace the potassium ion with e.g. a proton, everything is back to normal.</div><div><br></div><div>Here's the DFT section of my input:</div><div><br></div><div><div>  &DFT</div><div>    CHARGE 1</div><div>    BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_SET2</div><div>    POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS2</div><div>    &MGRID</div><div>      NGRIDS 5</div><div>      CUTOFF 500</div><div>    &END MGRID</div><div>    &QS</div><div>      METHOD GPW</div><div>    &END QS</div><div>    &SCF</div><div>      SCF_GUESS RESTART</div><div>      EPS_SCF 5.0E-6</div><div>      MAX_SCF 150</div><div>      ADDED_MOS  100</div><div>      &MIXING</div><div>          METHOD BROYDEN_MIXING</div><div>          ALPHA    0.1</div><div>          NBROYDEN   8</div><div>      &END MIXING</div><div>    &END SCF</div><div>     &XC</div><div>        &XC_FUNCTIONAL  PBE</div><div>        &END XC_FUNCTIONAL</div><div>        &VDW_POTENTIAL</div><div>          POTENTIAL_TYPE  PAIR_POTENTIAL</div><div>          &PAIR_POTENTIAL</div><div>            TYPE  DFTD3</div><div>            PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat</div><div>           REFERENCE_FUNCTIONAL PBE</div><div>           CALCULATE_C9_TERM  T</div><div>          &END PAIR_POTENTIAL</div><div>        &END VDW_POTENTIAL</div><div>      &END XC</div><div>  &END DFT</div></div><div><br></div><div>Any suggestions? If you need further info, please let me know. </div><div><br></div><div>Thank you,</div><div><br></div><div>Alex</div></div></blockquote></div></div>