<div dir="ltr">Hi Junbo,<div><br></div><div>as far as I know, for a charged system, the cell will be given a averaged background charge. So usually counter ions should be added in most case.  <br><br>在 2017年11月4日星期六 UTC-7上午9:07:30，luj...@gmail.com写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div style="max-height:10000px"><div dir="ltr">Hi, I want to do a simulation of hydration of Zn2+ by QM/MM MD of CP2K. But there are several problems for my simulation:<br>(1). I do not know whether we should neutralize the system by minus ion in CP2K, such as Cl-. We can also not neutralize the system, is it right?<br>(2). If we add some minus ions into system, how can we define the charge of dynamic QM region in adbf QM/MM MD calculation? When a charged molecule enter the QM region, such as Cl- ion, the total charge of dynamic QM region will change. I have read the CP2K manual, I find it can not change the charge of QM region when doing MD. So this is a problem.<br>Can you help me for these two problems? I will be very appreciated!<br>With my best regards,<br>Junbo<br></div></div><a style="display:none">显示删减掉的内容</a> <div style="display:none"><div></div></div><div></div><div></div><div style="display:none"></div><div style="display:none"></div><div><div></div></div><div><div><div><div style="display:inline-block"><div style="display:none"></div></div> </div></div></div></div></blockquote></div></div>