<div dir="ltr"><div>Dear CP2K team/users,</div><div><br></div><div><br></div><div>When I import PSF file, CP2K reads everything fine but after reading PSF file, CP2K generate bonds and angles and .... (don't know why). I have switched off GENERATE too. </div><div><br></div><div> </div><div>I have even dumped PSF from CP2K and compared with my PSF.  In both PSFs, I have 384 bonds (correct number of bonds). But when CP2K is running it says 64 bonds. </div><div><br></div><div><br></div><div>For instance, in the output file: When CP2K reads my PSF, the output is:</div><div><br></div><div>   Mol(           1 ) Old BOND Count:          348           3         </div><div><br></div><div>then, the output is updated saying</div><div><br></div><div>  Mol(           1 ) New BOND Count:           64           1  </div><div><br></div><div><br></div><div>Attached are my input file, output file and psf pdb files. Due to missing bonds, I am having errors and I got NaN energies (I think). </div><div><br></div><div>Please let me know if you have any suggestions. </div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Prasanth. </div></div>