<div dir="ltr">Dear CP2K team/users,<div><br></div><div><br><div>When I import PSF file, CP2K reads everything fine but after reading PSF
 file, CP2K generate bonds and angles and .... (don't know why). I 
have switched off GENERATE too.
<br>
<br> </div><div>I have even dumped PSF from CP2K and compared with my PSF.  In both PSFs, I have 384 bonds (correct number of bonds). But when CP2K is running it says 64 
bonds. <br></div><div><br></div><div><br></div><div>For instance, in the output file: When CP2K reads my PSF, the output is:<br>
<br>
   Mol(           1 ) Old BOND Count:          348           3         <br>
<br>
then, the output is updated saying<br>
<br>
  Mol(           1 ) New BOND Count:           64           1  <br></div><div><br></div></div><div><br></div><div>Attached are my input file, output file and psf pdb files. Due to missing bonds, I am having errors and I got NaN energies (I think). </div><div><br></div><div>Please let me know if you have any suggestions. </div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Prasanth. </div><div><br></div></div>