<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size: small; font-family: "trebuchet ms", sans-serif; color: rgb(32, 18, 77);">Hi Matt, </div><div class="gmail_default" style="font-size: small; font-family: "trebuchet ms", sans-serif; color: rgb(32, 18, 77);"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size: small; font-family: "trebuchet ms", sans-serif; color: rgb(32, 18, 77);">Thank you very much for your answer. </div><div class="gmail_default" style="font-size: small; font-family: "trebuchet ms", sans-serif; color: rgb(32, 18, 77);"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size: small; font-family: "trebuchet ms", sans-serif; color: rgb(32, 18, 77);">Since previously I did not have coupled the (DFTB3) QM region (which is the same size of the MM region) to the periodic MM images, if I understand you correctly this could be the cause that some of my water molecules fall apart since I did not take many measures against boundary effects as you have written. The only thing I have done is to add standard LJ pontentials for the MM/QM atoms close to each other. What other measures are there which one could take?</div><div class="gmail_default" style="font-size: small; font-family: "trebuchet ms", sans-serif; color: rgb(32, 18, 77);"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size: small; font-family: "trebuchet ms", sans-serif; color: rgb(32, 18, 77);">I have now tried to set up fully periodic QM/MM:</div><div class="gmail_default" style="font-size: small; font-family: "trebuchet ms", sans-serif; color: rgb(32, 18, 77);"><blockquote style="margin: 0px 0px 0px 40px; border: none; padding: 0px;"><div class="gmail_default"><font size="1"><br></font></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">  &QMMM</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">    &CELL</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">      ABC 41.576 41.369 42.526</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">      PERIODIC XYZ</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">    &END CELL</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">    ECOUPL Coulomb</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">    &PERIODIC</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">      GMAX 5.0E-01</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">      &MULTIPOLE off</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">      &END MULTIPOLE</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">      &POISSON</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">        &EWALD</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">          EWALD_TYPE spme</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">          GMAX 1</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">        &END EWALD</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">      &END POISSON</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">    &END PERIODIC</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">    CENTER setup_only</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">    CENTER_GRID FALSE</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">    USE_GEEP_LIB 7</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">    NOCOMPATIBILITY</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">    &FORCEFIELD</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">      &NONBONDED14</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">        @include ../../../cp2k.in.qmmm.lj.<wbr>system1</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">      &END NONBONDED14</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">    &END FORCEFIELD</font></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font size="1">  &END QMMM</font></div></div></blockquote></div><div class="gmail_default" style="font-family: arial, sans-serif; font-size: small;"><div style="color: rgb(32, 18, 77); font-family: "trebuchet ms", sans-serif;"><br></div><div style="color: rgb(32, 18, 77); font-family: "trebuchet ms", sans-serif;">However, I got:</div><div style="color: rgb(32, 18, 77);"><font face="monospace, monospace" size="1"><br></font></div><div><div><font color="#20124d" face="monospace, monospace" size="1"> *****************************<wbr>******************************<wbr>********************</font></div><div><font color="#20124d" face="monospace, monospace" size="1"> *   ___                                                                       *</font></div><div><font color="#20124d" face="monospace, monospace" size="1"> *  /   \                                                                      *</font></div><div><font color="#20124d" face="monospace, monospace" size="1"> * [ABORT]                                                                     *</font></div><div><font color="#20124d" face="monospace, monospace" size="1"> *  \___/     QM-QM long range correction not possible with COULOMB coupling   *</font></div><div><font color="#20124d" face="monospace, monospace" size="1"> *    |                                                                        *</font></div><div><font color="#20124d" face="monospace, monospace" size="1"> *  O/|                                                                        *</font></div><div><font color="#20124d" face="monospace, monospace" size="1"> * /| |                                                                        *</font></div><div><font color="#20124d" face="monospace, monospace" size="1"> * / \                                                    qmmm_per_elpot.F:379 *</font></div><div><font color="#20124d" face="monospace, monospace" size="1"> *****************************<wbr>******************************<wbr>********************</font></div><div style="color: rgb(32, 18, 77); font-family: "trebuchet ms", sans-serif;"><br></div></div><div style="color: rgb(32, 18, 77); font-family: "trebuchet ms", sans-serif;">Thus it seems I can either</div><div style="color: rgb(32, 18, 77); font-family: "trebuchet ms", sans-serif;">1) switch to mechanical embedding (i.e. ECOUPL NONE)</div><div style="color: rgb(32, 18, 77); font-family: "trebuchet ms", sans-serif;">2) switch off the QM/MM electrostatic periodicity as I had before, in which case I would need to add more of the special measures you mentioned it seems.</div><div style="color: rgb(32, 18, 77); font-family: "trebuchet ms", sans-serif;">And recommendations?</div><div style="color: rgb(32, 18, 77); font-family: "trebuchet ms", sans-serif;"><br></div><div style="color: rgb(32, 18, 77); font-family: "trebuchet ms", sans-serif;">I used DFTB3 without hydrogen corrections. Could that be the problem, or maybe the dispersion correction enhances the electron spillout problem?</div><div style="color: rgb(32, 18, 77); font-family: "trebuchet ms", sans-serif;"><br></div><div style="color: rgb(32, 18, 77); font-family: "trebuchet ms", sans-serif;">Best wishes,</div><div style="color: rgb(32, 18, 77); font-family: "trebuchet ms", sans-serif;">Jadzia</div><div style="color: rgb(32, 18, 77); font-family: "trebuchet ms", sans-serif;"><br></div><div style="color: rgb(32, 18, 77); font-family: "trebuchet ms", sans-serif;"><br></div></div><br>On Tuesday, September 5, 2017 at 11:41:30 AM UTC+2, Matt W wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>you want to keep the periodic section, if you want a periodic system. This _should_* make the QM region feel a potential that comes from the periodically replicated MM region (so essentially Ewald sum). Without that section you just get the potential from the point charges surrounding the region, that needs lots of care about boundary effects otherwise you can get stray fields and other artifacts.</div><div><br></div><div>Multipole correction is (normally a fairly small correction) that allows you to use a smaller QM box but still be periodic. You can ignore it if your QM and QMMM cells are the same size.</div><div><br></div><div>* I don't know if the periodic functionality works with DFTB ...</div><div><br></div><div>Matt<br><br>On Monday, September 4, 2017 at 3:27:49 PM UTC+1, Jadzia wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Dear All, </div><div><br></div><div>I'm relatively (but not completely) new to CP2K, and am currently trying to run a QM/MM simulation (at the moment just a test system with water) which is fully periodic, using DFTB3 with dispersion correction, and electrostatic embedding (Coulomb).</div><div><br></div><div>As far as I could find out, with DFTB one can set the QM box size to the system size, and in this case one does not need to decouple the QM images in the QMMM section. Does this mean that I can leave away the &PERIODIC section completely in the QM/MM region? Because if I have &PERIODIC sections in the MM and in the DFT sections, then the periodicity should alraedy be set up correctly, right? I have already tried to switch off only the &MULTIPOLE feature, but then I get an error about to a missing keyword related to EWALD:</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Value requested, but no value set getting value from keyword GMAX of section EWALD. </blockquote><div><br></div><div>Therefore I guess I need to renmove the &PERIODIC keyword in the QMMM section, and if I remove it the simulation seems to run fine. But I can't tell if the periodicity works as it should. I also read a lot of topics in the mailing list, but I couldn't figure things completely out. My input files are attached, and about any comments I would be grateful. </div><div><br></div><div>Also, there is one other problem. After a while of simulation time, the QM water molecules are slowly falling apart. I.e. a hydrogen would detach from one water molecule and goes to the oxygen of another one. This happens almost always when MM water molecules interact with QM water molecules, but very few times I saw also a QM water molecule falling apart which was not directly near an MM water. I suspect that the<i> electron spillout problem</i> (as it is called in your 2005 article) is the cause. In the article is written that a Gaussian charge distribution is used to solve the electron spillout problem. Is this mechanism always active in QM/MM force evaluations in CP2K, or do I need to active it? (I could not find much about that topic.) Or do you have other recommendations on how to solve the water instability problem?</div><div><br></div><div>If you see anything other unusual in my input file I would be glad to as well. I have checked things as best as possible, but don't have much experience with CP2K. </div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Jadzia</div></div></blockquote></div></div></blockquote></div>