Hi, Tiziano<br><div><includetail><div><br> Thank you for your quick response! Here are attached the compile log and output of<br>nm libcp2kpwcuda.a. It seems that no such references exist in libcp2kpwcuda.a.<br><br>Thanks for resolving the problem!<br><br>Huiqun<br></div><div> </div><div style="font:Verdana normal 14px;color:#000;"><div style="FONT-SIZE: 12px;FONT-FAMILY: Arial Narrow;padding:2px 0 2px 0;">------------------ Original ------------------</div><div style="FONT-SIZE: 12px;background:#efefef;padding:8px;"><div id="menu_sender"><b>From: </b> "Tiziano Müller"<tizian...@cThankhem.uzh.ch>;</div><div><b>Date: </b> Thu, Jul 27, 2017 05:10 PM</div><div><b>To: </b> "hqzhou"<h...@nju.edu.cn>; <wbr></div><div><b>Cc: </b> "cp2k"<...@googlegroups.com>; <wbr></div><div><b>Subject: </b> Re: [CP2K:9263] Unddefined reference when compiling cp2k 4.1 withCUDA 8.0</div></div><div> </div>Hi Huiqun<br><br>Can you please attach the complete build log?<br>It might also be a good idea to do a `make distclean` and rebuild <br>everything from scratch for that.<br><br>The mentioned symbols should be defined in<br><br>   lib/unclecuda-gnu/ssmp/libcp2kpwcuda.a<br><br>You can check for their presence using<br>   `nm lib/unclecuda-gnu/ssmp/libcp2kpwcuda.a`<br><br>which should give something like this:<br><br>   [...]<br>   pw_cuda_z.o:<br>   [...]<br>   00000000000003a0 T pw_cuda_cfffg_z_<br>   0000000000000f60 T pw_cuda_cff_z_<br>   0000000000001680 T pw_cuda_cf_z_<br>   00000000000019e0 T pw_cuda_fc_z_<br>   00000000000012f0 T pw_cuda_ffc_z_<br>   0000000000001f00 T pw_cuda_fg_z_<br>   0000000000001d40 T pw_cuda_f_z_<br>   0000000000000960 T pw_cuda_sfffc_z_<br>   0000000000002310 T pw_cuda_sf_z_<br>   [...]<br><br>If they are not there (after the rebuild), please also attach the <br>complete output of this command.<br><br>Best regards,<br>Tiziano<br><br>On 27.07.2017 08:22, hqzhou wrote:<br>> Hi,<br>> <br>> I'm compiling cp2k 4.1 with CUDA 8.0 using gnu compiler gfortran 4.8.5 <br>> on a CentOS 7.3 machine.<br>> For the compilation going on smoothly, I have made some modifications to <br>> the relevant source<br>> code:<br>> 1. change syncthreads() to __syncthreads()<br>> 2. added condition to support native atomicAdd() in CUDA 8.0<br>> 3. change FFT_ALIGNMENT to CUFFT_COMPATIBILITY_FFTW_PADDING<br>> <br>> The compilation went almost OK, except the last step of creating <br>> cp2k.ssmp. I got following error.<br>> Actually, all undefined references are defined in pw/pw_cuda.F, am I <br>> wrong somewhere in my<br>> configuration (refer to the attached)?<br>> <br>> Thanks in advance!<br>> <br>> PS: I can run dbcsr_unittest.ssmp, libcusmm_unittest.ssmp without any <br>> problem.<br>> <br>> Huiqun Zhou<br>> @Earth Sciences, Nanjing University, China<br>> <br>> ======================= snippet of screen output <br>> ==========================================<br>> gfortran -I/usr/local/include -I/usr/local/cuda/include <br>> -I/usr/local/libint/include -I/usr/local/libxc/include -D__GRID_CORE=2 <br>> -D__PILAENV_BLOCKSIZE=1024 -D__ACC -D__DBCSR_ACC -D__PW_CUDA -D__LIBXC2 <br>> -D__LIBINT -D__LIBINT_MAX_AM=6 -D__LIBDERIV_MAX_AM1=5 -D__MAX_CONTR=4 <br>> -O2 -ffast-math -ffree-form -ffree-line-length-none -fopenmp <br>> -ftree-vectorize -funroll-loops -mtune=native -I/usr/local/include <br>> -I/usr/local/cuda/include -I/usr/local/libint/include <br>> -I/usr/local/libxc/include -D__COMPILE_ARCH="\"unclecuda-gnu\"" <br>> -D__COMPILE_DATE="\"Thu Jul 27 14:08:24 CST 2017\"" <br>> -D__COMPILE_HOST="\"unclecuda\"" -D__COMPILE_REVISION="\"svn:17462\"" <br>> -D__DATA_DIR="\"/home/zhou_huiqun/Cookplate/cp2k-4.1/data\"" <br>> -L/home/zhou_huiqun/Cookplate/cp2k-4.1/lib/unclecuda-gnu/ssmp -o <br>> /home/zhou_huiqun/Cookplate/cp2k-4.1/exe/unclecuda-gnu/cp2k.ssmp cp2k.o  <br>> -lcp2kstart -lcp2kmc -lcp2kswarm -lcp2kmotion -lcp2kthermostat -lcp2kemd <br>> -lcp2ktmc -lcp2kmain -lcp2keri_mme -lcp2kminimax -lcp2khfxbase <br>> -lcp2ksubsys -lcp2kxc -lcp2kao -lcp2kinput -lcp2kpw -lcp2kpwcuda <br>> -lcp2kfft -lcp2kdbcsrwrap -ldbcsr -ldbcsrarnoldi -ldbcsrvec -ldbcsrmm <br>> -ldbcsrops -ldbcsrbblock -ldbcsrbdist -ldbcsrbase -ldbcsrdata -ldbcsrerr <br>> -lmicsmm -lclsmm -lcusmm -lcp2kacc -lcp2kaccmic -lcp2kaccopencl <br>> -lcp2kacccuda -lcp2kfm -lcp2kcommon -lcp2kmpiwrap -lcp2kgrid -lcp2kbase <br>> -L/usr/local/cuda/lib64 -lcudart -lcublas -lcufft -lrt <br>> /usr/lib64/libopenblas.a /usr/local/libxc/lib/libxcf90.a <br>> /usr/local/libxc/lib/libxc.a /usr/local/libint/lib/libderiv.a <br>> /usr/local/libint/lib/libint.a<br>> /home/zhou_huiqun/Cookplate/cp2k-4.1/lib/unclecuda-gnu/ssmp/libcp2kpw.a(pw_cuda.o): <br>> In function `__pw_cuda_MOD_pw_cuda_f':<br>> pw_cuda.F:(.text+0x6c): undefined reference to `pw_cuda_f_z_'<br>> /home/zhou_huiqun/Cookplate/cp2k-4.1/lib/unclecuda-gnu/ssmp/libcp2kpw.a(pw_cuda.o): <br>> In function `__pw_cuda_MOD_pw_cuda_sf':<br>> pw_cuda.F:(.text+0x1ef): undefined reference to `pw_cuda_sf_z_'<br>> /home/zhou_huiqun/Cookplate/cp2k-4.1/lib/unclecuda-gnu/ssmp/libcp2kpw.a(pw_cuda.o): <br>> In function `__pw_cuda_MOD_pw_cuda_fg':<br>> pw_cuda.F:(.text+0x36e): undefined reference to `pw_cuda_fg_z_'<br>> /home/zhou_huiqun/Cookplate/cp2k-4.1/lib/unclecuda-gnu/ssmp/libcp2kpw.a(pw_cuda.o): <br>> In function `__pw_cuda_MOD_pw_cuda_c1dr3d_3d_ps':<br>> pw_cuda.F:(.text+0x3673): undefined reference to `pw_cuda_fc_z_'<br>> pw_cuda.F:(.text+0x3b6e): undefined reference to `pw_cuda_ffc_z_'<br>> /home/zhou_huiqun/Cookplate/cp2k-4.1/lib/unclecuda-gnu/ssmp/libcp2kpw.a(pw_cuda.o): <br>> In function `__pw_cuda_MOD_pw_cuda_r3dc1d_3d_ps':<br>> pw_cuda.F:(.text+0x6ca5): undefined reference to `pw_cuda_cf_z_'<br>> pw_cuda.F:(.text+0x7336): undefined reference to `pw_cuda_cff_z_'<br>> /home/zhou_huiqun/Cookplate/cp2k-4.1/lib/unclecuda-gnu/ssmp/libcp2kpw.a(pw_cuda.o): <br>> In function `__pw_cuda_MOD_pw_cuda_c1dr3d_3d':<br>> pw_cuda.F:(.text+0x779c): undefined reference to `pw_cuda_sfffc_z_'<br>> /home/zhou_huiqun/Cookplate/cp2k-4.1/lib/unclecuda-gnu/ssmp/libcp2kpw.a(pw_cuda.o): <br>> In function `__pw_cuda_MOD_pw_cuda_r3dc1d_3d':<br>> pw_cuda.F:(.text+0x79d0): undefined reference to `pw_cuda_cfffg_z_'<br>> /home/zhou_huiqun/Cookplate/cp2k-4.1/lib/unclecuda-gnu/ssmp/libcp2kpw.a(pw_cuda.o): <br>> In function `__pw_cuda_MOD_pw_cuda_init':<br>> pw_cuda.F:(.text+0x7a55): undefined reference to `pw_cuda_init'<br>> /home/zhou_huiqun/Cookplate/cp2k-4.1/lib/unclecuda-gnu/ssmp/libcp2kpw.a(pw_cuda.o): <br>> In function `__pw_cuda_MOD_pw_cuda_finalize':<br>> pw_cuda.F:(.text+0x7a41): undefined reference to `pw_cuda_finalize'<br>> collect2: error: ld returned 1 exit status<br>> <br>> -- <br>> You received this message because you are subscribed to the Google <br>> Groups "cp2k" group.<br>> To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send <br>> an email to cp2k+uns...@googlegroups.com <br>> <mailto:cp2k+uns...@googlegroups.com>.<br>> To post to this group, send email to cp...@googlegroups.com <br>> <mailto:cp...@googlegroups.com>.<br>> Visit this group at https://groups.google.com/group/cp2k.<br>> For more options, visit https://groups.google.com/d/optout.<br><br>-- <br>Tiziano Müller<br>University of Zurich<br>Department of Chemistry<br>Winterthurerstrasse 190<br>CH-8057 Zürich<br><br>Tel: +41 44 63 54234<br>www.chem.uzh.ch<br>tiziano...@chem.uzh.ch<br><br>-- <br>You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to cp2k+uns...@googlegroups.com.<br>To post to this group, send email to cp...@googlegroups.com.<br>Visit this group at https://groups.google.com/group/cp2k.<br>For more options, visit https://groups.google.com/d/optout.<br></div><!--<![endif]--></includetail></div>