<div dir="ltr">Hi,<div><br><div>The MM simulations in the tutorial are intended to allow the system to relax and to find suitable cell dimensions. We do this at the MM level because it's rather fast when compared to QMMM. The relaxed system is then moved to the QMMM level in order to simulate bond breaking. </div><div><br></div><div>The reaction is not sampled in the <b>unbiased</b> QMMM, which is why we add metadynamics in the second part. Once we bias the collective variable, you can see the reaction occurring at the QMMM level.</div><div><br></div><div><br>Op woensdag 19 juli 2017 13:34:52 UTC+2 schreef jts2...@gmail.com:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi Dries,<div><br></div><div>I have read the tutorial and wonder how could I show the advantage of QMMM calculation over MM calculation. Should I run a complete MM simulation and compare the two results ? I notice that you said in the tutorial that the reaction is not achieved in the simulation. Does that mean QMMM method doesn't work in this simulation ? </div><div><br>在 2017年7月18日星期二 UTC+8下午2:49:11，Dries Van Rompaey写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi cp2k-users,<div><br></div><div>After experimenting with cp2k for a while I have written down a short tutorial on how to use cp2k for biochemical systems. The tutorial covers the setup of an enzyme system with ambertools followed by equilibration with cp2k at the MM level, after which we move the system to QM/MM for metadynamics simulations of an enzymatic reaction. I am far from an expert myself, but I thought this might be useful to people starting out. If you spot any mistakes or something that could be improved, please let me know. The tutorial can be found at <a href="https://driesvr.github.io/Tutorials/" rel="nofollow" target="_blank" onmousedown="this.href='https://www.google.com/url?q\x3dhttps%3A%2F%2Fdriesvr.github.io%2FTutorials%2F\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNHUfeTgDtfHSQQxB98lNzkiPh7cNw';return true;" onclick="this.href='https://www.google.com/url?q\x3dhttps%3A%2F%2Fdriesvr.github.io%2FTutorials%2F\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNHUfeTgDtfHSQQxB98lNzkiPh7cNw';return true;">https://driesvr.github.io/<wbr>Tutorials/</a>.</div><div><br></div><div>Kind regards</div><div><br></div><div>Dries</div><div><br></div><div><br></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div></div>