<div dir="ltr">Hi All,<div><br><div>I dont any experience with MM, but I am quite interested in the QM/MM capabilities of CP2K, so I am starting to dabble. I'm trying to first run some MM calculations, unfortunately, having a large number of problems!! The problem that mainly concerns me is with the reading/ specifying the interactions.</div><div><br></div><div>I ran a calculation on a single ligand, using some files I got from the SWISSPARAM, these are the meeaa.* files attached. The geometry optimization seems to work well and give reasonable results for the molecular structure. Next I wanted to run a system with a small crystallite, with only non-bonded interactions, the idea being afterwards to run a mixed simulation with the crystalite and the ligand from above. </div></div><div><br></div><div>First I ran the calculation (cdse_manual.*) specifying all of the Non-bonded interactions in the cp2k input file. This also seemed to work well and give sensible results.</div><div><br></div><div>Now, I tried to redo this calculation, but now added the non-bonded interactions  for the crystallite to the .par file which contains the interactions for the ligand, and read the FF from that file (cdse.* files). The resulting geometry optimization gives an exploding crystallite, and it is clear the non-bonded interactions are not the same as in the cdse_manual calculations. What am I doing wrong here?? Most concerning for me, is that now I dont completely trust that the non-bonded interactions for the ligand (meeaa run from above) are being used properly from the par file!</div><div><br></div><div>I also checked that if I remove the non-bonded interactions from the .par file, that the calculation gives me an error flag that the non-bonded interactions are not specified, so they are being read, just not used the same as when I specify them manually in the input file.</div><div><br></div><div>If anyone can shed some light on this for me I would be very grateful!</div><div>Cheers,</div><div>Nuri</div><div> </div></div>