<div dir="ltr">Dear Teo<div><br></div><div>I am going to do QMMM calculations (DFT/MD/BYLYP) on Thio-AceticAcid in CCL4. I don't have parameters for the acid, but I am gonna use Charmm27 for the solvent (CCL4). </div><div>Would you please guide me how to prepare the initial structure for the CP2K input? using which program? Do I need to have a box and does the acid need to be centered in that?</div><div><br></div><div>Thanks in advance</div><div><br></div><div>Ghazaleh<br><br>On Thursday, October 9, 2008 at 11:40:42 PM UTC+2, Teo wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">Hi<p>>  This is not always possible. One of the reasons that you chose QM/ <br>> MM is to eliminate the need for parameters for a certain region of  <br>> you system (e.g metalloproteins)</p><p>even for metalloproteins you need inevitably to equilibrate the  <br>system at MM level. You may want in these cases keep part of the<br>region of interest frozen but you've anyway to create potential and  <br>topology files for the all system, in order to allow your<br>favorite program to run your system.<br>Have nice examples regarding metalloproteins where not even 1 ns of  <br>MM equilibration are enough to have a proper thermalized<br>system.. so thinking to do that at QM level is just too much optimistic.</p><p>Let me also stress that as long as you don't want to study chemical  <br>reaction classical forcefield can nowadays do an extremely<br>good job..</p><p>> Just to sweep away all the doubts.. charges for QM atoms, though<br>> requested are<br>> never used. The only classical contribution coming from QM atoms are<br>> the QM-MM non-bonded.<br>><br>> I guess that you refer to van der Waals interactions, since the  <br>> electrostatic interaction are computed at a QM level.</p><p>as I said in the sentence above, MM charges corresponding to QM atoms  <br>are ignored. Only classical non-bonded (which could<br>also be different  than van der waals) for QM - MM atoms are kept.<br>But this are general rules that you can find in whatever basic paper  <br>on QMMM.</p><p>Teo<br></p><p></p><p></p><p></p><p></p><p></p></blockquote></div></div>