<div dir="ltr">Hello World,<div><br></div><div>I have been learning cp2k calculation with tutorials on the website. And I have a few questions about the tutorial by Professor Iannuzzi, "<a href="https://www.cp2k.org/exercises:2015_cecam_tutorial:urea#fourth_taskqm_mm_metadyanamics_simulations">QM/MM study of UREA Zwitterion in water</a>".</div><div><br></div><div>1) In the first task of "First task: MM isobaric/isothermal ensemble", the cell size is specified as "ABC [angstrom] 38.8605230  39.1154930  39.2709120", I do not know where these numbers are from. I measured the initial length of the cubic box generated from ambertools, it is around only 20 angstroms.</div><div><br></div><div>2) The second question is about the procedure of calculation. We do the NPT in the first step, why do we need to do the following NVT ensemble in the second and third step?</div><div><br></div><div>3) How to correctly visualize the result of step 1(The NPT ensemble) in VMD?(I saw the whole system seems to be shifting here and there) Should we expect a rectangular unit cell for the whole system? Does CP2K have the functionality of "wrap" that can move atoms outside the unit cell back into the box? <br></div><div><br></div><div>I really appreciate that many professors and developers contributed to these helpful tutorials. </div><div><br></div><div>If anyone can answer these questions, it would be fantastic.</div><div><br></div><div>Thanks.</div><div><br></div><div>William</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div>