<div dir="ltr">Dear All:<div><br></div><div>I am trying to do umbrella sampling for a system. My collective variable is defined as a linear combination of the z-coordinates of some atoms, as the following:</div><div><br></div><div><div>        FUNCTION CV8+CV9+CV10+CV11+CV12+CV13+CV14+CV15+CV16+CV17+CV18+CV19+CV20+CV21+CV22-2*CV1-2*CV2-2*CV3-2*CV4-2*CV5-2*CV6-2*CV7</div><div>        VARIABLES CV1 CV2 CV3 CV4 CV5 CV6 CV7 CV8 CV9 CV10 CV11 CV12 CV13 CV14 CV15 CV16 CV17 CV18 CV19 CV20 CV21 CV22 </div><div>        ERROR_LIMIT 1.0E-8</div></div><div><br></div><div>and add one harmonic potential to the defined collective variable:</div><div><br></div><div><div> &CONSTRAINT</div><div>  &COLLECTIVE</div><div>    TARGET [bohr] 40.0</div><div>    INTERMOLECULAR .TRUE.</div><div>    COLVAR 1</div><div>    &RESTRAINT</div><div>      K [kcalmol] 10.0</div><div>    &END</div><div>  &END COLLECTIVE</div><div> &END CONSTRAINT</div></div><div><br></div><div>Somehow the simulation failed with "CPASSERT failed" information, and by checking the trajectory, I find many atoms are flying away out of scope. I guess this is due to  "INTERMOLECULAR .TRUE." statement? Shall I include all the atoms involved in the collective variable into a defined molecule in the input file? The input files are attached in the information. Please take a look and any feedback would definitely help me to figure it out.</div><div><br></div><div>Thank very much !</div><div><br></div><div>Tao</div></div>