<div dir="ltr">Dear all,<div><br></div><div>I am trying to model some surfactants on a liquid water slab using AdBF-QMMM.</div><div>The system was pre-euilibrated using classical MD and I remove the CoM movement using</div><div><p style="font-size: 11px; font-family: Menlo;"><br></p><p style="font-size: 11px; font-family: Menlo;">COMVEL_TOL  1.0E-10</p><p style="font-size: 11px; font-family: Menlo;"><br></p></div><div>By the way, even after removing the CoM, the system experience some CoM movement. </div><div>The trajectory looks like "shaking". </div><div>I placed the trajectory and the X,Y,Z-position of my QM atom (file  Br_pos.dat) together with my input at </div><div><br></div><div>https://drive.google.com/open?id=0B9kQhpI16-FudWhuUUxNT1AwQlE<br></div><div><br></div><div>Is this something excepted in QMMM due to the way in which forces are computed?</div><div><br></div><div>I remember, but I not sure, that the code should try place the QM dynamical region in order to avoid crossing with the PBC box.</div><div>But again, not sure of that...</div><div><br></div><div>Thank you for any possible help</div><div><br></div><div>Ivan</div></div>