<div dir="ltr"><br><br>Using prebuilt 4.1...with coordinates given in input &COORD....<br><br>Despite setting REORDER F in &TOPOPLOGY &GENERATE, atoms get reordered, but the LIST in &FIXED_ATOMS keeps input values, which are wrong after reordering.<br><br>Deleting the  FIXED_ATOMS_RESTART section prevents fixed atoms from being pulled hither and yon, but restarts also seem to get a nonphysical temperature bump which leads me to suspect that velocities might also be misordered (velocities initialization >1000K higher in restart; rescaling reduces this but it's noticeable).<br><br><br>Setting NEIGHBOR_LISTS_FROM_SCRATCH F in &TOPOPLOGY &GENERATE and in &MM might influence this but doesn't eliminate the problem.<br><br>Suggestions???<br><br>Thanks.<br><br></div>