<div dir="ltr">Hello,  I'm using Plumed2 for my metadynamics calculation.<div><br></div><div>I have a diatomic gas molecule exploring distance between H2 and metal</div><div>center. </div><div><br></div><div>Initially I used a simple Distance colvar (between one gas atom and metal), but it gave me 2 minima probably</div><div>because the gas atom can flip. So I want to use center-of-mass (COM) of gas molecule and the metal.</div><div><br></div><div>My question:</div><div><br></div><div>(1) I can't seem to find a simple way of doing this [why is there no option for groups in the Distance colvar?]</div><div><br></div><div>I tried this but it's not elegant.</div><div><p class="p1"><span class="s1"> &COLVAR</span></p><p class="p1"><span class="s1"> &DISTANCE_FUNCTION</span></p><p class="p1"><span class="s1"> ATOMS 4276 4277 3775 3775</span></p><p class="p1"><span class="s1"> COEFFICIENT -1.00000</span></p><p class="p1"><span class="s1"> #  distance 1 = ( 4276 - 4277 )</span></p><p class="p1"><span class="s1"> #  distance 2 = ( 3775 - 3775 )</span></p><p class="p1"><span class="s1"> &END DISTANCE_FUNCTION</span></p><p class="p1"><span class="s1"> &END COLVAR</span></p></div><div><br></div><div><br></div><div>(2) What is the unit of the Distance colvar? </div><div>I want it to be Angstrom. I am specifying Angstrom for the ABC of the box, does this translate</div><div>to the same unit ? </div><div><br></div><style type="text/css">
p.p1 {margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 11.0px Menlo; color: #ffffff; background-color: #2c67c8}
span.s1 {font-variant-ligatures: no-common-ligatures}
</style></div>