<div dir="ltr">Dear All:<div><br></div><div>I am trying to set up some collective variables in cp2k. I need to calculate the exponential-form value of a defined collective variable, which is the distance between certain 2 atoms, the form is as the following:</div><div><br></div><div>f = 1/{1 + exp([distance(i, j) - 0.5]/1.5)}</div><div><br></div><div>Shall I define the CV as the following?</div><div><br></div><div><pre class="code" style="padding: 0.7em 1em; font-family: Consolas, "Andale Mono WT", "Andale Mono", "Bitstream Vera Sans Mono", "Nimbus Mono L", Monaco, "Courier New", monospace; font-size: 14px; direction: ltr; background-color: rgb(251, 250, 249); color: rgb(51, 51, 51); box-shadow: rgb(204, 204, 204) 0px 0px 0.5em inset; border-radius: 2px; overflow: auto; word-wrap: normal; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: rgb(204, 204, 204);">  &SUBSYS
    &COLVAR
       &COMBINE_COLVAR
          &COLVAR
             &DISTANCE
                ATOMS 1 5</pre><pre class="code" style="padding: 0.7em 1em; font-family: Consolas, "Andale Mono WT", "Andale Mono", "Bitstream Vera Sans Mono", "Nimbus Mono L", Monaco, "Courier New", monospace; font-size: 14px; direction: ltr; background-color: rgb(251, 250, 249); color: rgb(51, 51, 51); box-shadow: rgb(204, 204, 204) 0px 0px 0.5em inset; border-radius: 2px; overflow: auto; word-wrap: normal; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: rgb(204, 204, 204);">             &END
          &END COLVAR
          FUNCTION 1/(1+exp((CV-0.5)/1.5))
          VARIABLES CV1 
          ERROR_LIMIT 1.0E-8
       &END
    &END</pre><pre class="code" style="padding: 0.7em 1em; font-family: Consolas, "Andale Mono WT", "Andale Mono", "Bitstream Vera Sans Mono", "Nimbus Mono L", Monaco, "Courier New", monospace; font-size: 14px; direction: ltr; background-color: rgb(251, 250, 249); color: rgb(51, 51, 51); box-shadow: rgb(204, 204, 204) 0px 0px 0.5em inset; border-radius: 2px; overflow: auto; word-wrap: normal; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: rgb(204, 204, 204);">   &END</pre><pre class="code" style="padding: 0.7em 1em; font-family: Consolas, "Andale Mono WT", "Andale Mono", "Bitstream Vera Sans Mono", "Nimbus Mono L", Monaco, "Courier New", monospace; font-size: 14px; direction: ltr; background-color: rgb(251, 250, 249); color: rgb(51, 51, 51); box-shadow: rgb(204, 204, 204) 0px 0px 0.5em inset; border-radius: 2px; overflow: auto; word-wrap: normal; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: rgb(204, 204, 204);"><br></pre><pre class="code" style="padding: 0.7em 1em; font-family: Consolas, "Andale Mono WT", "Andale Mono", "Bitstream Vera Sans Mono", "Nimbus Mono L", Monaco, "Courier New", monospace; font-size: 14px; direction: ltr; background-color: rgb(251, 250, 249); color: rgb(51, 51, 51); box-shadow: rgb(204, 204, 204) 0px 0px 0.5em inset; border-radius: 2px; overflow: auto; word-wrap: normal; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: rgb(204, 204, 204);"><br></pre><pre class="code" style="padding: 0.7em 1em; font-family: Consolas, "Andale Mono WT", "Andale Mono", "Bitstream Vera Sans Mono", "Nimbus Mono L", Monaco, "Courier New", monospace; font-size: 14px; direction: ltr; background-color: rgb(251, 250, 249); color: rgb(51, 51, 51); box-shadow: rgb(204, 204, 204) 0px 0px 0.5em inset; border-radius: 2px; overflow: auto; word-wrap: normal; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: rgb(204, 204, 204);">Or the correct form should be something else? Thanks ~</pre><pre class="code" style="padding: 0.7em 1em; font-family: Consolas, "Andale Mono WT", "Andale Mono", "Bitstream Vera Sans Mono", "Nimbus Mono L", Monaco, "Courier New", monospace; font-size: 14px; direction: ltr; background-color: rgb(251, 250, 249); color: rgb(51, 51, 51); box-shadow: rgb(204, 204, 204) 0px 0px 0.5em inset; border-radius: 2px; overflow: auto; word-wrap: normal; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: rgb(204, 204, 204);"><br></pre><pre class="code" style="padding: 0.7em 1em; font-family: Consolas, "Andale Mono WT", "Andale Mono", "Bitstream Vera Sans Mono", "Nimbus Mono L", Monaco, "Courier New", monospace; font-size: 14px; direction: ltr; background-color: rgb(251, 250, 249); color: rgb(51, 51, 51); box-shadow: rgb(204, 204, 204) 0px 0px 0.5em inset; border-radius: 2px; overflow: auto; word-wrap: normal; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: rgb(204, 204, 204);">Tao</pre><pre class="code" style="padding: 0.7em 1em; font-family: Consolas, "Andale Mono WT", "Andale Mono", "Bitstream Vera Sans Mono", "Nimbus Mono L", Monaco, "Courier New", monospace; font-size: 14px; direction: ltr; background-color: rgb(251, 250, 249); color: rgb(51, 51, 51); box-shadow: rgb(204, 204, 204) 0px 0px 0.5em inset; border-radius: 2px; overflow: auto; word-wrap: normal; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: rgb(204, 204, 204);"><br></pre><pre class="code" style="padding: 0.7em 1em; font-family: Consolas, "Andale Mono WT", "Andale Mono", "Bitstream Vera Sans Mono", "Nimbus Mono L", Monaco, "Courier New", monospace; font-size: 14px; direction: ltr; background-color: rgb(251, 250, 249); color: rgb(51, 51, 51); box-shadow: rgb(204, 204, 204) 0px 0px 0.5em inset; border-radius: 2px; overflow: auto; word-wrap: normal; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: rgb(204, 204, 204);"><br></pre><pre class="code" style="padding: 0.7em 1em; font-family: Consolas, "Andale Mono WT", "Andale Mono", "Bitstream Vera Sans Mono", "Nimbus Mono L", Monaco, "Courier New", monospace; font-size: 14px; direction: ltr; background-color: rgb(251, 250, 249); color: rgb(51, 51, 51); box-shadow: rgb(204, 204, 204) 0px 0px 0.5em inset; border-radius: 2px; overflow: auto; word-wrap: normal; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: rgb(204, 204, 204);"><br></pre><pre class="code" style="padding: 0.7em 1em; font-family: Consolas, "Andale Mono WT", "Andale Mono", "Bitstream Vera Sans Mono", "Nimbus Mono L", Monaco, "Courier New", monospace; font-size: 14px; direction: ltr; background-color: rgb(251, 250, 249); color: rgb(51, 51, 51); box-shadow: rgb(204, 204, 204) 0px 0px 0.5em inset; border-radius: 2px; overflow: auto; word-wrap: normal; border-width: 1px; border-style: solid; border-color: rgb(204, 204, 204);"><br></pre></div></div>