<div dir="ltr">Hi Aman Jindal,<br><br>1) it's in principle OK, that different methods give different results. Thus, how much are the bonds elongated?<br><br>2) You have a redundant &GEO_OPT section in your &MOTION. It does not harm, but is confusing.<br><br>Yours,<br><br>Vladimir<br><br>вторник, 6 декабря 2016 г., 17:34:13 UTC+1 пользователь Aman Jindal написал:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hello everyone,<div><br></div><div>I took the NaCl/water system.  I have fixed the NaCl atoms as I am interested in only water dynamics.After few ps of classical MD  using FIST methods in CP2K, I switched to<i> ab inito </i>MD using the restart file from the previous run. I saw the trajectory from both the run in VMD, upto classical MD everything seems fine, but when I started AIMD the some of the O-H bonds in water is highly elongated. I am not able to understand why it is happening so ? Motion section of my input file is as follows:</div><div><br></div><div><div>&MOTION</div><div>  &CONSTRAINT</div><div>  &FIXED_ATOMS</div><div>    COMPONENTS_TO_FIX XYZ</div><div>    LIST 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120 121 122 123 124 125 126 127 128 129 130 131 132 133 134 135 136 137 138 139 140 141 142 143 144</div><div>  &END FIXED_ATOMS</div><div>&END CONSTRAINT</div><div> &GEO_OPT</div><div>   OPTIMIZER BFGS </div><div>   MAX_ITER  100</div><div>   MAX_DR    [bohr] 0.003 </div><div>   &BFGS</div><div>   &END</div><div> &END</div><div> &MD</div><div>   ENSEMBLE NVE  </div><div>   TEMPERATURE [K] 330</div><div>   TIMESTEP [fs] 0.5</div><div>   STEPS 500</div><div> &END</div><div>  &PRINT</div><div>   &TRAJECTORY</div><div>     &EACH</div><div>       MD 20</div><div>     &END EACH</div><div>   &END TRAJECTORY</div><div>   &VELOCITIES OFF</div><div>   &END VELOCITIES</div><div>   &FORCES OFF</div><div>   &END FORCES</div><div>   &RESTART_HISTORY</div><div>     &EACH</div><div>       MD 100</div><div>     &END EACH</div><div>   &END RESTART_HISTORY</div><div>   &RESTART</div><div>     BACKUP_COPIES 3</div><div>     &EACH</div><div>       MD 1</div><div>     &END EACH</div><div>   &END RESTART</div><div>  &END PRINT</div><div>&END</div><div>&EXT_RESTART</div><div>  RESTART_FILE_NAME  NaCl-Free-1.restart</div></div><div><br></div><div><br></div><div>I have attached the input file also for the reference. One more problem is that this run is taking quite a long time, is there any I can improve the speed of the run ?<br></div><div><br></div><div>Thanks in advance,</div><div><br></div><div>Aman Jindal</div><div><br></div></div></blockquote></div>