<div dir="ltr">Thank you Matt for your helpful suggestions. It's running now.<div>I want to know, how can I generate topology and psf files from pdb - required to run classical MD on cp2k ? I tried in VMD using psfgenerator, but for that first I need a topology file. VMD is creating a psf file, but there was no parameters in that file.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Aman<br><div><br>On Monday, November 28, 2016 at 8:27:13 PM UTC+5:30, Matt W wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>default COORD section is in Angstroms. Add a SCALED keyword.</div><div><br></div><div>I also added IGNORE_MISSING_CRITICAL_<wbr>PARAMS in the FORCEFIELD section and it then ran - but better you check what it complains about (may well be missing interaction should be zero)</div><div><br></div><div>Matt<br><br>On Sunday, November 27, 2016 at 5:40:04 PM UTC, Aman Jindal wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear cp2k users,<div><br></div><div>I am using cp2k to study NaCl-water system. I am able to run geometry optimization for my system but while running molecular dynamics using FIST method my job stops in between without printing any error message. At the end of the output file it says that :</div><div><br></div><div><div> CELL_TOP| Angle (b,c), alpha [degree]:                                   90.000</div><div> CELL_TOP| Angle (a,c), beta  [degree]:                                   90.000</div><div> CELL_TOP| Angle (a,b), gamma [degree]:                                   90.000</div><div> CELL_TOP| Numerically orthorhombic:                                         YES</div><div><br></div><div> GENERATE|  Preliminary Number of Bonds generated:                          9206</div><div> GENERATE|  Achieved consistency in connectivity generation.</div><div>  </div><div>I have given the coordinated in the input file itself, but I do not have psf file for this system so I used GENERATE TOPOLOGY in the input file.</div></div><div><br></div><div>But the problem is there are no other output files, I mean no Trajectory file etc.</div><div><br></div><div>I am attaching my input as well as output file..</div><div><br></div><div>Please give me some direction so that I can proceed further.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Aman Jindal</div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div></div>