<div dir="ltr">Dear Megha,<div><br></div><div><br></div><div>the pos file doesn't contain any information about the simulation box. However, you can tell VMD manually what the parameters are. Open the terminal (Externsions/Tk Console) and type pbc set {a b c alpha beta gamma} <enter> pbc box_draw.</div><div>This should yield the desired result, i.e. the simulation box / unit cell of lengths a b c and angles alpha beta gamma. I suspect in your case the cell will be a simple cube of side length a Angstrom. I am not entirely sure, but I suspect that the box will only be drawn for one frame of the trajectory, but I don't know if there is a way to fix the box for all frames. At least for a first visual inspection this should be sufficient.</div><div><br></div><div>Hope this helps</div><div><br></div><div>Tobias  </div><div><br></div><div>     </div><div><br>On Tuesday, October 25, 2016 at 1:57:29 AM UTC+1, Megha Anand wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Dear CP2K users,<div><br></div><div>Forgive me for asking several trivial questions. I am still new to CP2K. Many thanks to several members of this group because of whom I am able to take baby steps towards learning this powerful program.</div><div><br></div><div>I am using VMD to visualize the *-<a href="http://pos-1.xyz" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Fpos-1.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNHDt7CsKeVnFOHZuhRT_3-eMiD3pQ';return true;" onclick="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Fpos-1.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNHDt7CsKeVnFOHZuhRT_3-eMiD3pQ';return true;">pos-1.xyz</a> file generated by CP2K. How do I see these geometry changes in *-<a href="http://pos-1.xyz" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Fpos-1.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNHDt7CsKeVnFOHZuhRT_3-eMiD3pQ';return true;" onclick="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Fpos-1.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNHDt7CsKeVnFOHZuhRT_3-eMiD3pQ';return true;">pos-1.xyz</a> file inside the simulation box. Is there a keyword that allows to print these coordinates inside the simulation box for each geometry optimization step. I am doing a non-periodic computation on a diatomic system using MT poisson solver and would like to get a feel for the spacing between the system and then cell walls.</div><div><br></div><div>Thank you so much for your time and help!</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Megha</div></div></blockquote></div></div>