<div dir="ltr">Hi Tobias,<div><br></div><div>there is an explicit skipping of the molden output if you fix atoms in vibrational_analysis.F (in src/motion), round about line 454.</div><div><br></div><div>You could try moving the ''CALL molden_out" outside of the IF statement there and see if you get sensible results.</div><div><br></div><div>I can't immediately see why this shouldn't be OK and what the purpose of the check is.</div><div><br></div><div>Matt</div><div><br></div><div><br><br>On Monday, September 26, 2016 at 2:51:28 PM UTC+1, Tobias Kraemer wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Dear all,<div><br></div><div><br></div><div>I have run a vibrational analysis on an optimised structure, thereby keeping a number of atoms fixed through setting spatial constraints. This is essentially the idea of the Partial Hessian Vibrational Analysis (PHVA) approach. Now, I have realised that although the normal modes are printed in the output file, there is no molden-compatible file  </div><div>for visualisation of the modes (in particular important for verifying transition states). I have defined this in the input (also attached as file), and for a full vibrational analysis (i.e. no constraints) this works without problems. I always obtain this file. For various reasons, it would be very useful to output this file in any case. Could this be looked into by someone. </div><div><br></div><div>Thanks for your comments</div><div><br></div><div><br></div><div>Tobias</div><div><br><div><br></div><div><p style="font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,246,220)"><span>&MOLDEN_VIB</span></p>
<p style="font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,246,220)"><span>      FILENAME=frequencies.mol</span></p>
<p style="font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;background-color:rgb(255,246,220)"><span>     &END</span></p></div></div></div></blockquote></div></div>