<div dir="ltr">Hi,<br><br>On Tuesday, September 20, 2016 at 9:02:20 AM UTC+1, Chris K. Lee wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div>Hello everyone</div><div><br></div><p>I'm trying to run DFT with some molecules.<br>The Final goal is to get the informations of the absorption and fluorescence spectrum.</p><div><br></div><div>1.<br>For the single molecule, I run it with the poisson solver.<br>The molecule has partially periodic sturucture such as grapnehe nano flake.<br>Is there any better options or metheods to calculate that kind of molucules?</div><div><br></div></div></blockquote><div><br></div><div>There are several Poisson solvers. The 2D Wavelet solver might be helpful for you. </div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div></div><div>2.<br>Some papers using the CP2K package are handling the Quantum Dots.<br>I can arrange each atom's positions in cartesian coordinate.<br>But I don't think they calculate in that way.<br>How can I run the CP2K package with spherical molecule in nano scale?</div><div><br></div></div></blockquote><div>Not quite sure what you are asking here. CP2, to my knowledge, always runs in cartesian coords, and can be either 0D, 2D or 3D periodic.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div></div><div>3.<br>When I run the TDDFPT, I can get some numbers. But I don't know what it means.<br>------------------------------<wbr>------------------------------<br>  excited state :   1            2.291698</div><p>                 48 ->   49             0.995        0.990<br>                 47 ->   49             0.099        1.000<br>------------------------------<wbr>------------------------------<br>From here, what does the 1st / 2nd column after the orbital number means?</p><div><br></div></div></blockquote><div>My group is working on a new implementation of the TDDFPT code, so there are two versions available in the latest code. But this bit is the same - you get the transition energy (2.29 eV here) then what makes up the transition - here it is mainly from the 48th MO to the 49th MO (99%) the first column gives the coefficient of the occupied->lumo in the expansion of the excited state and the second column (0.99,0 1.000) give the sum of the square of the coefficients. </div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div></div><div>4.<br>I searched this forum with absorption spectrum, and real time propagation time dependent DFT is the key.<br>Is there any test input files in the cp2k package?</div><p>Can I get some informations of the fluorescence with CP2K package?</p></div></blockquote><div><br></div><div><br></div><div>There is a recent paper from VandeVondele's group on the real time propagation (http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.6b00398), some test cases in the regtest directories, and a couple of examples here (https://www.cp2k.org/exercises:2016_summer_school:excited), which I mean to update when I get time. The real time propagation is a different approach from the TDDFPT. Which is best for you depends on what you want to get out of the calculations.</div><div><br></div><div>HTH,</div><div><br></div><div>Matt </div></div>