<div dir="ltr">Hi, Janos. Recently, I am learning simulated annealing to search the global minimum of small molecule. I saw your nice suggestion, but I have some questions,<div>For annealing, how to set the temperature? I tested my input file, when I use the keywords temperature and annealing, the error implied <em style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Times New Roman'; font-size: medium;">thermostat </em><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: 'Times New Roman'; font-size: medium;">is needed. </span></div><div>But thermostat and annealing are against, so I wonder how to set the temperature? And  in every input files(heating and cooling), should I do NVE simulations or</div><div>just do the optimization? </div><div>      Thanks.</div><div>       </div><div>       Jing</div><div><br>在 2015年7月27日星期一 UTC-7下午5:53:32，Geng Sun写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Janos,<div><br></div><div>    Thanks ! that's very helpful. I will give it a try.</div><div><br></div><div>Geng Sun</div></div><div><br><div class="gmail_quote">2015-07-23 15:57 GMT+08:00 <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="7l8-jASWSGAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">Jano...@googlemail.com</a> <span dir="ltr"><<a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="7l8-jASWSGAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">jano...@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear Geng,<div><br>It can be done by using the EXT_RESTART option and some simple input files.</div><div><br></div><div>template: simple input file with EXT_RESTART from projectname-1.restart, restarting everything, and annealing parameter:<br></div><div>ANNEALING ${PAR}<br></div><div><br></div><div>Then, you can also use the SET and INCLUDE commands in three different inputs:<br></div><div><br></div><div>heating.inp:</div><div><div>@SET PAR 1.000001 #check the number for your needs</div><div>@INCLUDE ./template</div></div><div><br></div><div>const.inp</div><div><div><div>@SET PAR 1.000000</div><div>@INCLUDE ./template</div></div></div><div><br></div><div>cooling.inp:<br></div><div><div><div>@SET PAR 0.999999 #check the number for your needs</div><div>@INCLUDE ./template</div></div></div><div><br></div><div>then you simply write a script:</div><div>#! /usr/bin/bash</div><div><br></div><div>for i in {1..99999}; do  #again adjust to your needs</div><div>  cp2k.popt const.inp >>out</div><div>  cp2k.popt heating.inp >>out<br></div><div>  cp2k.popt const.inp >>out<br></div><div>  cp2k.popt cooling.inp >>out<br></div><div>done</div><div><br></div><div>You can set different simulation times by the SET command as well...</div><div>If you want, you can set different project names for different temperatures as well, so you can have the different temperature structures in different xyz files. And it is also a good idea to set the temperature by @SET for the input files.<br></div><div><br></div><div>HTH,<br><br>Janos</div><div><br></div><div><br></div><div>On Tuesday, July 14, 2015 at 10:28:37 AM UTC+2, Geng Sun wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello CP2K users <div><br></div><div>      Could anyone give me some hints that how to do fix cell simulated annealing to find the stable structures in CP2K ?</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks in advance !</div></div></blockquote></div></div></blockquote></div><br></div>
</blockquote></div></div>