<div dir="ltr">Hi,<div>Thank you for the tips! Â I am not using EXTRAPOLATION or PRECONDITIONER currently. Â  If I include them now will they affect the accuracy significantly? Â I am in the middle of long MD trajectories of TiO2 crystal with water and KCl ions. Â Also running the water box with ions. Â  My current setup is below (same for both systems). Â  Â The TiO2 system uses 1-80 scf steps for each MD step. Would you recommend these changes for that system also? Â Best regards. Â  Â <div><br></div><div><br></div><div><div> &GLOBAL</div><div>  Â PRINT_LEVEL Â MEDIUM</div><div>  Â PROJECT_NAME brookite</div><div>  Â RUN_TYPE Â MD</div><div> &END GLOBAL</div><div> &MOTION</div><div>  Â &MD</div><div>  Â  Â ENSEMBLE Â NVT</div><div>  Â  Â STEPS Â 250</div><div>  Â  Â TIMESTEP Â  Â  4.9999999999999989E-01</div><div>  Â  Â STEP_START_VAL Â 3751</div><div>  Â  Â TIME_START_VAL Â  Â  4.3234999999995443E+03</div><div>  Â  Â ECONS_START_VAL Â  Â -1.5206763646667368E+04</div><div>  Â  Â TEMPERATURE Â  Â  3.0000000000000000E+02</div><div>  Â  Â &THERMOSTAT</div><div>  Â  Â  Â TYPE Â NOSE</div><div>  Â  Â  Â REGION Â GLOBAL</div><div>  Â  Â  Â &NOSE</div><div>  Â  Â  Â  Â LENGTH Â 3</div><div>  Â  Â  Â  Â TIMECON Â  Â  1.9999999999999993E+01</div><div>  Â  Â  Â  Â &COORD</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 4.2157834584794962E-01 Â  -3.8977051434234506E+00 Â  Â 3.0959934319656378E+02</div><div>  Â  Â  Â  Â &END COORD</div><div>  Â  Â  Â  Â &VELOCITY</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 5.7927878733942134E-05 Â  Â 7.8527005854180164E-04 Â  Â 5.0048257140974906E-04</div><div>  Â  Â  Â  Â &END VELOCITY</div><div>  Â  Â  Â  Â &MASS</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 1.4749962622867215E+06 Â  Â 6.4949196930282767E+02 Â  Â 6.4949196930282767E+02</div><div>  Â  Â  Â  Â &END MASS</div><div>  Â  Â  Â  Â &FORCE</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 4.2152207720701857E-08 Â  Â 6.1579061284564603E-06 Â  -8.4610128141038230E-07</div><div>  Â  Â  Â  Â &END FORCE</div><div>  Â  Â  Â &END NOSE</div><div>  Â  Â &END THERMOSTAT</div><div>  Â  Â &AVERAGES Â T</div><div>  Â  Â  Â &RESTART_AVERAGES</div><div>  Â  Â  Â  Â ITIMES_START Â 1</div><div>  Â  Â  Â  Â AVECPU Â  Â  9.1875550803485453E+01</div><div>  Â  Â  Â  Â AVEHUGONIOT Â  Â  0.0000000000000000E+00</div><div>  Â  Â  Â  Â AVETEMP_BARO Â  Â  0.0000000000000000E+00</div><div>  Â  Â  Â  Â AVEPOT Â  Â -1.5208725197223592E+04</div><div>  Â  Â  Â  Â AVEKIN Â  Â  1.0826866556597368E+00</div><div>  Â  Â  Â  Â AVETEMP Â  Â  3.0108762437707566E+02</div><div>  Â  Â  Â  Â AVEKIN_QM Â  Â  0.0000000000000000E+00</div><div>  Â  Â  Â  Â AVETEMP_QM Â  Â  0.0000000000000000E+00</div><div>  Â  Â  Â  Â AVEVOL Â  Â  5.5116376409126919E+04</div><div>  Â  Â  Â  Â AVECELL_A Â  Â  2.7174261790895553E+01</div><div>  Â  Â  Â  Â AVECELL_B Â  Â  6.9659084710430690E+01</div><div>  Â  Â  Â  Â AVECELL_C Â  Â  2.9116900255502028E+01</div><div>  Â  Â  Â  Â AVEALPHA Â  Â  9.0000000000000071E+01</div><div>  Â  Â  Â  Â AVEBETA Â  Â  9.0000000000000071E+01</div><div>  Â  Â  Â  Â AVEGAMMA Â  Â  9.0000000000000071E+01</div><div>  Â  Â  Â  Â AVE_ECONS Â  Â  1.6039009887889247E+02</div><div>  Â  Â  Â  Â AVE_PRESS Â  Â  0.0000000000000000E+00</div><div>  Â  Â  Â  Â AVE_PXX Â  Â  0.0000000000000000E+00</div><div>  Â  Â  Â &END RESTART_AVERAGES</div><div>  Â  Â &END AVERAGES</div><div>  Â &END MD</div><div>  Â &CONSTRAINT</div><div>  Â  Â &FIXED_ATOMS</div><div>  Â  Â  Â COMPONENTS_TO_FIX Â XYZ</div><div>  Â  Â  Â LIST Â 148 172 196 150 174 198 64 88 112 \</div><div>  Â  Â  Â  259 270 281 221 234 247 149 173 197 289 \</div><div>  Â  Â  Â  313 337 260 271 282 225 238 251 155 179 \</div><div>  Â  Â  Â  203 163 187 211 164 188 212 290 314 338 \</div><div>  Â  Â  Â  71 95 119 266 277 288 265 276 287</div><div>  Â  Â &END FIXED_ATOMS</div><div>  Â &END CONSTRAINT</div><div>  Â &PRINT</div><div>  Â  Â &TRAJECTORY Â ON</div><div>  Â  Â  Â ADD_LAST Â NUMERIC</div><div>  Â  Â  Â FILENAME trajectory</div><div>  Â  Â &END TRAJECTORY</div><div>  Â  Â &RESTART Â SILENT</div><div>  Â  Â  Â ADD_LAST Â NUMERIC</div><div>  Â  Â  Â &EACH</div><div>  Â  Â  Â  Â MD Â 1</div><div>  Â  Â  Â &END EACH</div><div>  Â  Â &END RESTART</div><div>  Â &END PRINT</div><div> &END MOTION</div><div> &FORCE_EVAL</div><div>  Â METHOD Â QS</div><div>  Â &DFT</div><div>  Â  Â BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_MOLOPT</div><div>  Â  Â POTENTIAL_FILE_NAME GTH_POTENTIALS</div><div>  Â  Â &SCF</div><div>  Â  Â  Â MAX_SCF Â 300</div><div>  Â  Â  Â EPS_SCF Â  Â  1.0000000000000001E-05</div><div>  Â  Â  Â SCF_GUESS Â RESTART</div><div>  Â  Â  Â &OT Â T</div><div>  Â  Â  Â  Â PRECONDITIONER Â NONE</div><div>  Â  Â  Â &END OT</div><div>  Â  Â  Â &PRINT</div><div>  Â  Â  Â  Â &RESTART Â ON</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â ADD_LAST Â NUMERIC</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â BACKUP_COPIES Â 1</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â &EACH</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â  Â MD Â 1</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â &END EACH</div><div>  Â  Â  Â  Â &END RESTART</div><div>  Â  Â  Â &END PRINT</div><div>  Â  Â &END SCF</div><div>  Â  Â &QS</div><div>  Â  Â  Â EPS_DEFAULT Â  Â  1.0000000000000000E-10</div><div>  Â  Â  Â METHOD Â GPW</div><div>  Â  Â &END QS</div><div>  Â  Â &MGRID</div><div>  Â  Â  Â NGRIDS Â 4</div><div>  Â  Â  Â CUTOFF Â  Â  4.0000000000000000E+02</div><div>  Â  Â  Â REL_CUTOFF Â  Â  4.0000000000000000E+01</div><div>  Â  Â &END MGRID</div><div>  Â  Â &XC</div><div>  Â  Â  Â DENSITY_CUTOFF Â  Â  1.0000000000000000E-10</div><div>  Â  Â  Â GRADIENT_CUTOFF Â  Â  1.0000000000000000E-10</div><div>  Â  Â  Â TAU_CUTOFF Â  Â  1.0000000000000000E-10</div><div>  Â  Â  Â &XC_FUNCTIONAL Â NO_SHORTCUT</div><div>  Â  Â  Â  Â &PBE Â T</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â PARAMETRIZATION Â ORIG</div><div>  Â  Â  Â  Â &END PBE</div><div>  Â  Â  Â &END XC_FUNCTIONAL</div><div>  Â  Â  Â &VDW_POTENTIAL</div><div>  Â  Â  Â  Â POTENTIAL_TYPE Â PAIR_POTENTIAL</div><div>  Â  Â  Â  Â &PAIR_POTENTIAL</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â R_CUTOFF Â  Â  1.5000000000000005E+01</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â TYPE Â DFTD3</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â REFERENCE_FUNCTIONAL PBE</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â CALCULATE_C9_TERM Â T</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â REFERENCE_C9_TERM Â T</div><div>  Â  Â  Â  Â &END PAIR_POTENTIAL</div><div>  Â  Â  Â &END VDW_POTENTIAL</div><div>  Â  Â &END XC</div><div>  Â  Â &POISSON</div><div>  Â  Â  Â PERIODIC Â XYZ</div><div>  Â  Â &END POISSON</div><div>  Â  Â &PRINT</div><div>  Â  Â  Â &E_DENSITY_CUBE Â SILENT</div><div>  Â  Â  Â  Â ADD_LAST Â NUMERIC</div><div>  Â  Â  Â  Â STRIDE Â 1 1 1</div><div>  Â  Â  Â  Â &EACH</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â MD Â 99999999</div><div>  Â  Â  Â  Â &END EACH</div><div>  Â  Â  Â &END E_DENSITY_CUBE</div><div>  Â  Â  Â &PDOS Â SILENT</div><div>  Â  Â  Â  Â ADD_LAST Â NUMERIC</div><div>  Â  Â  Â  Â FILENAME dosfile</div><div>  Â  Â  Â  Â LOG_PRINT_KEY Â T</div><div>  Â  Â  Â  Â COMPONENTS Â F</div><div>  Â  Â  Â  Â NLUMO Â -1</div><div>  Â  Â  Â  Â &EACH</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â MD Â 99999999</div><div>  Â  Â  Â  Â &END EACH</div><div>  Â  Â  Â &END PDOS</div><div>  Â  Â &END PRINT</div><div>  Â &END DFT</div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br><br>On Thursday, August 18, 2016 at 3:05:57 PM UTC+3, jgh wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;">Hi
<br>
<br>The PBE-D3 setup looks fine.
<br>
<br>Yes, 10-20 SCF iterations during an MD are on the very high end for
<br>such a well behaved system. I would try the following setup (in case you
<br>don't use it already)
<br>
<br>&QS
<br>  ....
<br>  EXTRAPOLATION ASPC
<br>  EXTRAPOLATION_ORDER Â 4
<br>&END QS
<br>
<br>&OT
<br>  Â PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE
<br>  Â MINIMIZER DIIS
<br>&END OT
<br>
<br>regards
<br>
<br>Juerg
<br>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--
<br>Juerg Hutter                        <wbr> Phone : ++41 44 635 4491
<br>Institut für Chemie C                FAX   : ++41 44 635 6838
<br>Universität Zürich                   E-<wbr>mail: <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="mMn6c0BwCgAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">hut...@chem.uzh.ch</a>
<br>Winterthurerstrasse 190
<br>CH-8057 Zürich, Switzerland
<br>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>---
<br>
<br>-----<a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="mMn6c0BwCgAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp...@googlegroups.com</a> wrote: -----To: cp2k <<a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="mMn6c0BwCgAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp...@googlegroups.com</a>>
<br>From: Simiam Ghan 
<br>Sent by: <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="mMn6c0BwCgAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp...@googlegroups.com</a>
<br>Date: 08/18/2016 01:08AM
<br>Subject: Re: [CP2K:8075] SCF, MD run-time verses atomic species.
<br>
<br>Hello Juerg,Thank you for your reply. Â I added REFERENCE_C9_TERM .TRUE. Â to the vdw section as you suggested and found that my MD simulation became twice (!) as fast. Â  That is, time per MD step went from ~60 sec to ~30 sec for box of water with 64 molecules and K,Cl ions. Â I made a quick comparison of Energy_Force results with and without this flag and indeed forces and energies do not change significantly. Â  This is great news. Â Why is this not a default? Â What's the catch? Â  Also, would you say this is now a correct way to declare a PBE-D3 setup?
<br>
<br>&VDW_POTENTIAL  Â  Â  Â  Â POTENTIAL_TYPE Â PAIR_POTENTIAL  Â  Â  Â  Â &PAIR_POTENTIAL  Â  Â  Â  Â  Â R_CUTOFF Â  Â  1.5000000000000005E+01  Â  Â  Â  Â  Â TYPE Â DFTD3  Â  Â  Â  Â  Â PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat  Â  Â  Â  Â  Â REFERENCE_FUNCTIONAL PBE  Â  Â  Â  Â  Â CALCULATE_C9_TERM Â T  Â  Â  Â  Â  Â REFERENCE_C9_TERM Â T  Â  Â  Â  Â &END PAIR_POTENTIAL  Â  Â  Â &END VDW_POTENTIAL
<br>Finally, I mentioned earlier that 30 scf steps were needed to converge the same box of water with ions. Â  I was then using EPS_SCF = 1E-06. Â  Reducing this to EPS_SCF = 1E-05 brought the number down to 10-20 scf necessary. Â Does that still sound high? Â  Is the definition of EPS_SCF documented somewhere, as it is apparently not just Energy convergence. 
<br>Cheers,Simiam Ghan
<br>
<br>
<br>
<br>On Friday, July 1, 2016 at 3:10:52 PM UTC+3, jgh wrote:Hi
<br>
<br>
<br>
<br>no this shouldn't be, but without more information I will have to guess.
<br>
<br>You could also have a look at the timings at the end of the output to 
<br>
<br>see if some routines got slower or if all parts of the run were affected.
<br>
<br>
<br>
<br>Two things to consider:
<br>
<br>
<br>
<br>1) Use REFERENCE_C9_TERM TRUE in order to reduce the time for vdW in MD.
<br>
<br>2) 30 SCF iterations in MD for such a simple system is pointing to a problem
<br>
<br>  Â with your setup. 
<br>
<br>
<br>
<br>regards
<br>
<br>
<br>
<br>Juerg
<br>
<br>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>--
<br>
<br>Juerg Hutter                        <wbr> Phone : ++41 44 635 4491
<br>
<br>Institut für Chemie C                FAX   : ++41 44 635 6838
<br>
<br>Universität Zürich                   E-<wbr>mail: <a>hut...@chem.uzh.ch</a>
<br>
<br>Winterthurerstrasse 190
<br>
<br>CH-8057 Zürich, Switzerland
<br>
<br>------------------------------<wbr>------------------------------<wbr>---
<br>
<br>
<br>
<br>-----<a>cp...@googlegroups.com</a> wrote: -----To: cp2k <<a>cp...@googlegroups.com</a>>
<br>
<br>From: Simiam Ghan 
<br>
<br>Sent by: <a>cp...@googlegroups.com</a>
<br>
<br>Date: 07/01/2016 01:38PM
<br>
<br>Subject: [CP2K:7883] SCF, MD run-time verses atomic species.
<br>
<br>
<br>
<br>Dear all,I am running NVT MD with Quickstep on a box of water with 64 molecules. Â  If I replace a water molecule with a KCl ion pair, i observe that the MD and SCF step times more than double on my setup. Â (MD from ~20 sec to ~46 sec). SCF iterations are converging (except the very first MD step) in around 30 steps in both cases but each SCF now takes over twice as long as before. Â  Is there an explanation of why such a 'small' change in system could double the run time? Â Is KCl really so heavy to calculate compared to H2O? Â The number of electrons in the system increases by 8, from 512 to 520. Â Below my KCl input file. 
<br>
<br>Greetings,Simiam
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>&GLOBAL
<br>
<br>  PROJECT H2O_KCl  RUN_TYPE MD  PRINT_LEVEL MEDIUM
<br>
<br>&END GLOBAL
<br>
<br>&FORCE_EVAL
<br>
<br>  METHOD Quickstep Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â ! GPW method.
<br>
<br>  &SUBSYS Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  ! A subsystem: coordinates, topology, molecules and cell.
<br>
<br>  Â  &CELL Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  ! Supercell setup.  Â  Â  ABC [angstrom] 12.414 12.414 12.414 Â  Â  Â  Â ! Using 64 H2O molecules, we thus get a density of 1g/cm^3.  Â  Â  PERIODIC XYZ Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â ! Use PBC in all dimensions.  Â  &END CELL
<br>
<br>  Â  &COORD  Â  UNIT angstromH -0.567712 -0.469646 -0.645913H 0.626116 -0.687796 0.308193O 0 0 0(...)K 2.1035 2.1035 4.2735Cl 4.1035 4.1035 2.6035 Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  ###H 3.73881 3.10388 5.46104
<br>
<br>H 3.65742 2.89924 6.989O 3.1035 3.1035 6.207(...)  Â  &END COORD
<br>
<br>  Â  &KIND O  Â  Â  BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH-q6  Â  Â  POTENTIAL GTH-PBE-q6  Â  &END KIND  Â  &KIND H  Â  Â  BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH-q1  Â  Â  POTENTIAL GTH-PBE-q1  Â  &END KIND  Â  Â &KIND K  Â  Â  BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q9  Â  Â  POTENTIAL GTH-PBE-q9  Â  &END KIND  Â  &KIND Cl  Â  Â  BASIS_SET DZVP-MOLOPT-GTH-q7  Â  Â  POTENTIAL GTH-PBE-q7  Â  &END KIND
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>  &END SUBSYS
<br>
<br> &DFT
<br>
<br>  Â  BASIS_SET_FILE_NAME Â BASIS_MOLOPT  Â  POTENTIAL_FILE_NAME Â GTH_POTENTIALS  Â Â ! Â  Â SPIN_POLARIZED Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â ! Do spin-polarized calculation
<br>
<br>  Â  &POISSON  Â  Â  Â PERIODIC XYZ  Â  &END POISSON
<br>
<br>  Â  &QS  Â  Â  METHOD GPW  Â  Â  EPS_DEFAULT 1.0E-10 Â  ! Set various epsilons for QS to values that will lead  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â ! to energy correct up to 1e-10.  Â  &END QS
<br>
<br>  Â  &MGRID  Â  Â  CUTOFF 400 Â  Â ! This is Ecut of eq. 39 in VandeVondele (2005), i.e., plane-wave cutoff  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Â  Â ! that determines size of finest grid (see caption of Fig. 1). Cutoffs for Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â ! the subsequent, coarser grid levels are given by eq. 39.  Â  Â  NGRIDS 4 Â  Â  Â ! This is N of eq. 39 in VandeVondele (2005), i.e., number of grids used.  Â  Â  REL_CUTOFF 40 ! This controls the grid level onto which Gaussians will be mapped.  Â  &END MGRID
<br>
<br>  Â  &XC
<br>
<br>  Â  Â  &XC_FUNCTIONAL Â  Â  Â  Â &PBE  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â Â  Â  PARAMETRIZATION ORIG Â  Â  Â  Â &END PBE  Â  Â  &END XC_FUNCTIONAL
<br>
<br>  Â  Â  &VDW_POTENTIAL
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â &PAIR_POTENTIAL  Â  Â  Â  Â  Â  TYPE DFTD3  Â  Â  Â  Â  Â  REFERENCE_FUNCTIONAL PBE  Â  Â  Â  Â  Â  CALCULATE_C9_TERM .TRUE.  Â  Â  Â  Â  Â  PARAMETER_FILE_NAME dftd3.dat  Â  Â  Â  Â  Â  R_CUTOFF 15.0  Â  Â  Â  Â &END PAIR_POTENTIAL
<br>
<br>  Â  Â  &END VDW_POTENTIAL
<br>
<br>  Â  &END XC
<br>
<br>  Â  &SCF
<br>
<br>  Â  Â  SCF_GUESS RESTART Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â ! Use data from previous run as initial guess for wavefunction.  Â  Â  EPS_SCF 1.0E-6 Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â ! Threshold for converged total energy.  Â  Â  MAX_SCF 300 Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â ! Maximum number of SCF iterations performed.
<br>
<br>  Â  Â  &OT  Â  Â  Â  PRECONDITIONER NONE Â  Â  Â  Â ! This should be stable with respect to the "Cholesky errors"  Â  Â  &END OT
<br>
<br>  Â  Â  Â &PRINT Â  Â  Â  Â  &RESTART ON
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  BACKUP_COPIES 1
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  &EACH Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â MD 1  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â &END EACH
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  ADD_LAST NUMERIC
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â &END RESTART
<br>
<br>  Â  Â  Â &END PRINT
<br>
<br>  Â  &END SCF
<br>
<br>  Â  &PRINT  Â  Â  &E_DENSITY_CUBE
<br>
<br>  Â  Â  Â  STRIDE 1 1 1
<br>
<br>  Â  Â  Â  &EACH Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â MD 99999999  Â  Â  Â  &END EACH
<br>
<br>  Â  Â  Â  ADD_LAST NUMERIC  Â  Â &END E_DENSITY_CUBE
<br>
<br>  Â  Â  &PDOS  Â  Â  Â  Â  Â  COMPONENTS .FALSE.  Â  Â  Â  Â  Â  NLUMO = -1  Â  Â  Â  Â  Â  FILENAME dosfile  Â  Â  Â  Â  Â  LOG_PRINT_KEY TRUE
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â Â  Â &EACH Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â MD 99999999 Â  Â  Â  Â  Â  Â &END EACH
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â Â  Â ADD_LAST NUMERIC  Â  Â  &END PDOS
<br>
<br>  Â  &END PRINT
<br>
<br> &END DFT
<br>
<br>&END FORCE_EVAL
<br>
<br>&MOTION
<br>
<br>  Â  Â  Â  &MD Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â ENSEMBLE Â  Â  Â  Â NVT Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â STEPS Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â 10000 Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â TEMPERATURE Â  Â  Â  Â 300.0 Â  Â  Â  Â ! K Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â TIMESTEP Â  Â  Â  Â 0.5 Â  Â  Â  Â ! fs Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â &THERMOSTAT
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  REGION GLOBAL Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â TYPE NOSE
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  &NOSE Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â LENGTH 3 Â  Â  Â  Â ! Length of Nose-Hoover chain Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â TIMECON 20.0 Â  Â  Â  Â ! Period of typical vibrational motion in system in fs Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â &END NOSE Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â &END THERMOSTAT Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â &END MD
<br>
<br>  Â  Â  Â  &PRINT
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  &RESTART
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  &EACH Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â MD 1 Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â &END EACH
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  ADD_LAST NUMERIC
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  &END RESTART
<br>
<br>  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  &TRAJECTORY ON  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â ADD_LAST NUMERIC  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â FILENAME trajectory  Â  Â  Â  Â  Â  Â  Â  &END TRAJECTORY
<br>
<br>  Â  Â  Â  &END PRINT
<br>
<br>&END MOTION
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>-- 
<br>
<br>
<br>
<br>You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.
<br>
<br>
<br>
<br>To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a>cp2k+...@googlegroups.com</a>.
<br>
<br>
<br>
<br>To post to this group, send email to <a>cp...@googlegroups.com</a>.
<br>
<br>
<br>
<br>Visit this group at <a href="https://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/group/cp2k';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/group/cp2k';return true;">https://groups.google.com/<wbr>group/cp2k</a>.
<br>
<br>
<br>
<br>For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/d/optout';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/d/optout';return true;">https://groups.google.com/d/<wbr>optout</a>.
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>-- 
<br>
<br>You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.
<br>
<br>To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="mMn6c0BwCgAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp2k+uns...@googlegroups.<wbr>com</a>.
<br>
<br>To post to this group, send email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="mMn6c0BwCgAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp...@googlegroups.com</a>.
<br>
<br>Visit this group at <a href="https://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/group/cp2k';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/group/cp2k';return true;">https://groups.google.com/<wbr>group/cp2k</a>.
<br>
<br>For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/d/optout';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/d/optout';return true;">https://groups.google.com/d/<wbr>optout</a>.
<br>
<br>
<br></blockquote></div></div></div>