<div dir="ltr">OK MY PROBLEM HAVE SOLVED THANK YOU<br><br>On Tuesday, July 19, 2016 at 8:45:51 PM UTC+7, Dj MG wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hello cp2k lovers.<br>How's the setting grotthus mechasism visualization using vmd?<br>My aim is looking hop-turn of proton. <br>I have run aimd in cp2k and the output file including file.ener, <a href="http://file.xyz" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Ffile.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNGS77vRHNT7ic6aWqPQk3xOX9NhHQ';return true;" onclick="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Ffile.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNGS77vRHNT7ic6aWqPQk3xOX9NhHQ';return true;">file.xyz</a>. <br>When i visualize <a href="http://file.xyz" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Ffile.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNGS77vRHNT7ic6aWqPQk3xOX9NhHQ';return true;" onclick="this.href='http://www.google.com/url?q\x3dhttp%3A%2F%2Ffile.xyz\x26sa\x3dD\x26sntz\x3d1\x26usg\x3dAFQjCNGS77vRHNT7ic6aWqPQk3xOX9NhHQ';return true;">file.xyz</a> (using CPK model) in vmd no the hop-turn just vibration of atom.<br>But when i change atom model to Dynamic Bond the hop-turn was appeared.<br>And i have watched a lot of  hop-turn proton videos in Youtube, they use CPK model and the hop-turn proton appear.<br>Then i search in google about hop-turn mechanism in vmd, they use tk-console. But when i using it's confusing for me.<br>I ask again what's the important file extention to built hop-turn mechanism?<br>Any advice/suggest for me? <br><br>Thank you<br>DJ MG<br>Cheers Always<br></div></blockquote></div>