<div dir="ltr">OK thank you Huan. I owe you one. I'm beginner in cp2k and english is 
not my Mother tongue. So that only i can do is try exercises in cp2k 
website and try and try more. OK i will try your suggestion. And your 
first suggestion was succeed to change drawing method. My question is 
why in CPK is failed to visualize the H+ transport?. The fact a lot of 
journal using CPK model. <br><br>My system is small dimer cluster, any suggestion for this case?<br><br>DJ MG<br>Cheers Always<br><br>On Wednesday, July 13, 2016 at 4:52:11 PM UTC+7, hua...@mail.huji.ac.il wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Dear Dj MG,<div><br></div><div>I checked your files. Actually, the proton has transferred from H3O^+ to H2O in your short trajectory.</div><div><br></div><div>You may use the program called VMD to visualize the position file, which is your "H3O+_H2O-pos-1.xyz". </div><div><br></div><div>By adding the representation with the "Drawing Method" of "dynamicbonds", and setting the "Distance Cutoff" as 1.2, you will be able to observe the proton transfer event.</div><div><br></div><div>The questions in your input file are:</div><div><br></div><div>1) Why you set the "MULTIPLICITY" as 3 in your input file? </div><div>The proton does not have electron, and all electrons in H3O^+ H2O system are in-pair. In my opinion, the multiplicity for this system should be 1.</div><div><br></div><div>2) What kind of system would you like to simulate? Periodic system or just a small dimer cluster?</div><div><br></div><div>3) The temperature printed in your output file fluctuated quite large. The target temperature you set is 313 K, however, as shown in your "H3O+_H2O-1.ener" file, the maximum value even reached to 1339 K, whereas the minimum value dropped down to 99 K. That seems quite unreasonable. You need to choose a better thermostat, like Nose-Hoover chain thermostat or CSVR thermostat.</div><div><br></div><div>All the best,</div><div>Huan</div><div>.</div><div><br><br>On Tuesday, July 12, 2016 at 6:19:40 PM UTC+3, Dj MG wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hello cp2k lovers. <br>I have project which aims to simulate proton transfer through grottus mechanism using aimd.<br>I got a problem, why H atoms from H3O+ can't move to H2O?<br>I attached my files below.<br><br><br>Cheers Always<br>...<br></div></blockquote></div></div></blockquote></div>