<div dir="ltr">Dear Christian<div><br></div><div>the problem in your input is that the basis sets are given two times, once writing the coefficient directly in the input file and once through the basis set file. Hence, you have doubled the basis set functions, but adding two times the same functions. Hence the overlap matrix is ill conditioned. </div><div>Just remove one of the two specifications in the input, for every kind, and it should work.</div><div><br></div><div>I assume that in the older version, the basis set was assigned only once, and the other part of the input was ignored.  </div><div><br></div><div>regards</div><div><br></div><div>marcella</div><div><br>On Tuesday, June 28, 2016 at 2:15:49 PM UTC+2, Christian Tuma wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Dear cp2k developers,<br><br>one of our cp2k users at HLRN (Cray-XC machine) provided me with an MD input (230 atoms - Au slab plus CO molecule) that works flawlessly with cp2k versions 2.4 and 2.6.2, but fails with the recent 3.0 and current trunk versions. Here the error message is<br><br>"Cholesky failed: the matrix is not positive definite or ill-conditioned."<br><br>and appears just before the first SCF iteration. Switching off the preconditioning is a workaround, but then performance is very poor. I have attached all files necessary to reproduce the problem.<br><br><br>Some technical details: Tried with GCC 6.1 (with Cray's LibSci 16.03.1) and Intel 16.0.3 (with MKL), also in debug mode. Configured and linked against external libraries (ELPA, libint, libxc, libsmm, FFTW3). Always crashes with the 3.0 and trunk versions, no problems with 2.4 and 2.6.2. So the only thing that correlates with the crash is the cp2k release 3.0 and younger, it is certainly not due to the compiler or one of the external libraries ... <br><br><br>Now I wonder whether something new was introduced since version 3.0 in the context of the preconditioning which causes the problem. Somebody who can advice?<br><br><br>Sincerely,<br>Christian Tuma<br><br><br><br></div></blockquote></div></div>