<div dir="ltr">Thank you Teo for your response. I thought that by specifying the QM atoms in the input file (and by specifying a non-periodic box), the box-size didn't matter. I now decreased the QM box size, and this indeed worked. Thank you very much!<br><br>Op donderdag 21 april 2016 06:14:38 UTC+2 schreef Teo:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div style="word-wrap:break-word"><div>How can you expect that a QM simulation box of 25x25x25 gives the same time of a QMMM simulation where the QM box is 40x40x40?</div><div><br><div><br><div><blockquote type="cite"><div>On 20 Apr 2016, at 14:18, <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="_6JcTTSdLgAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">jonas...@uantwerpen.be</a> wrote:</div><br><div><div dir="ltr">Hi everybody! <br><br>I am learning to use CP2K and I'm having some troubles with the set-up of my QM/MM simulations. My goal is to simulate the reactions of OH radicals with the central part of cytoglobin (metalloprotein). The central heme-group of the protein, together with an OH radical, make the QM part, whereas the rest of the protein (together with some surrounding water molecules) make the MM part. I first thermalized the structure (MM), and then (as a test) I performed some QM simulations (of only the central heme part + OH radical). I added the input file of this simulation in attachment (qm.inp). Now, I wanted to perform the real QM/MM simulations. However, these simulations run much slower (based on the output .ener file, the time per step increase from ~20s to ~120s) than the previous QM simulations. [I added this input file also in attachment (qmmm.inp).] In both cases I used CP2K version 2.5.1 and used 80 cores.<br><br>I thought the idea of a QMMM simulation was that the speed of the entire simulation was determined by the QM part, so I don't understand what is slowing down my QMMM simulations. I tried a few things (e.g. changing embedding scheme from electrostatic to mechanical embedding), but none of the things I tried seemed to work. <br><br>I hope one of you can tell me what I'm doing wrong, or can guide me to a possible solution. <br><br>Thanks in advance!<br><br>Best wishes,<br>Jonas Van der Paal<br>University of Antwerp (Belgium)<br></div><div><br></div>

-- <br>
You received this message because you are subscribed to the Google Groups "cp2k" group.<br>
To unsubscribe from this group and stop receiving emails from it, send an email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="_6JcTTSdLgAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp2k+uns...@googlegroups.<wbr>com</a>.<br>
To post to this group, send email to <a href="javascript:" target="_blank" gdf-obfuscated-mailto="_6JcTTSdLgAJ" rel="nofollow" onmousedown="this.href='javascript:';return true;" onclick="this.href='javascript:';return true;">cp...@googlegroups.com</a>.<br>
Visit this group at <a href="https://groups.google.com/group/cp2k" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/group/cp2k';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/group/cp2k';return true;">https://groups.google.com/<wbr>group/cp2k</a>.<br>
For more options, visit <a href="https://groups.google.com/d/optout" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://groups.google.com/d/optout';return true;" onclick="this.href='https://groups.google.com/d/optout';return true;">https://groups.google.com/d/<wbr>optout</a>.<br>
<span><qm.inp></span><span><qmmm.inp></span></div></blockquote></div><br></div></div></div></blockquote></div>