<div dir="ltr">Hi Huan,<div><br></div><div>Thanks for your attention.</div><div>Yes, I did. I noticed and added the keyword the PERIODIC, and I tried the ensemble NPT_I and NVT, but cp2k still printed a real trajectory.</div><div><br></div><div>Regards,</div><div>Shengjie Wang<br><br>在 2016年3月23日星期三 UTC+8上午4:45:33，hua...@mail.huji.ac.il写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr">Hi Shengjie,<div><br></div><div>Did you specify the keyword PERIODIC in the &SUBSYS &CELL section?</div><div>Please see the CP2K manual</div><div> <a href="https://manual.cp2k.org/cp2k-2_6-branch/CP2K_INPUT/FORCE_EVAL/SUBSYS/CELL.html#PERIODIC" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='https://www.google.com/url?q\75https%3A%2F%2Fmanual.cp2k.org%2Fcp2k-2_6-branch%2FCP2K_INPUT%2FFORCE_EVAL%2FSUBSYS%2FCELL.html%23PERIODIC\46sa\75D\46sntz\0751\46usg\75AFQjCNFEtibqgWYDbJi0hfZ9rVUFLZpbOg';return true;" onclick="this.href='https://www.google.com/url?q\75https%3A%2F%2Fmanual.cp2k.org%2Fcp2k-2_6-branch%2FCP2K_INPUT%2FFORCE_EVAL%2FSUBSYS%2FCELL.html%23PERIODIC\46sa\75D\46sntz\0751\46usg\75AFQjCNFEtibqgWYDbJi0hfZ9rVUFLZpbOg';return true;">https://manual.cp2k.org/cp2k-<wbr>2_6-branch/CP2K_INPUT/FORCE_<wbr>EVAL/SUBSYS/CELL.html#PERIODIC</a><br><br>Regards,</div><div>Huan</div><div>.<br><br>On Friday, March 18, 2016 at 6:41:41 PM UTC+2, 王胜杰 wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear all<div><br></div><div>When I was dealing with the trajectory of MD, I found the atoms always move beyond the boundary, making some atoms' coordinate larger than the box length,which reflect the true trajectories. </div><div>But I don't want a true trajectory, I want a periodic boundary.When the atoms cross the boundary, the coordinate will minus the box length automatically, which each direction of  atoms' coordinate is less than the box length. By adding what command line can I fix that?</div><div><br></div><div>Thanks in advance.</div><div>Shengjie Wang </div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div>