<div dir="ltr">Dear Tarak,<div><br></div><div>using PBC, the un-wrapped and the wrapped coordinates are equivalent. Hence you can use one frame taken from your trajectory to restart the calculation. Since the MD is NVT the box is always the same. If you do not like the visualisation of the diffusing water molecules, wrap them back into the box. If you don't like writing a script for that, use the pbc VMD plug-in. </div><div><br></div><div>Marcella<br><br>On Monday, November 9, 2015 at 2:32:31 PM UTC+1, tarak wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><span style="font-size:12.8000001907349px">Dear All,</span><div>Sorry for re-posting the same question that I had posted couple of months back but did not get a reply.</div><div><br><div style="font-size:12.8000001907349px">I have finished 10 ps of QM/MM equilibration of my protein-ligand complex in NVT ensemble. Now, I need to study the chemical reaction using metadynamics simulation.</div><div style="font-size:12.8000001907349px"> </div><div style="font-size:12.8000001907349px">My question is, </div><div style="font-size:12.8000001907349px">How do I select a frame from the 10 ps .dcd trajectory that can be used in the metadynamics simulation, I need to perform next?</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">DCD file does not wrap the coordinates, and thus the box information is lost. When I visualize the trajectoy in VMD (.dcd and .psf) water molecules (surface) are floating out of the simulations box. I realize that this is because of the un-wrapped coordinates. In that case, selecting a frame from VMD (after loading the .dcd and .psf), I think, is not a good idea. </div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Could anyone suggest a protocol of how to extract frames from the trajectory that can be used in the next set of simulations?</div><div style="font-size:12.8000001907349px">Do I need to wrap the coordinates in vmd and then save the .pdb files?</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Suggestions will be immensely appreciated.</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Thanks and regards,</div><div style="font-size:12.8000001907349px">Tarak</div><div><br></div>
</div></div>
</blockquote></div></div>