<div dir="ltr"><span style="font-size:12.8000001907349px">Dear All,</span><div>Sorry for re-posting the same question that I had posted couple of months back but did not get a reply.</div><div><br><div style="font-size:12.8000001907349px">I have finished 10 ps of QM/MM equilibration of my protein-ligand complex in NVT ensemble. Now, I need to study the chemical reaction using metadynamics simulation.</div><div style="font-size:12.8000001907349px"> </div><div style="font-size:12.8000001907349px">My question is, </div><div style="font-size:12.8000001907349px">How do I select a frame from the 10 ps .dcd trajectory that can be used in the metadynamics simulation, I need to perform next?</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">DCD file does not wrap the coordinates, and thus the box information is lost. When I visualize the trajectoy in VMD (.dcd and .psf) water molecules (surface) are floating out of the simulations box. I realize that this is because of the un-wrapped coordinates. In that case, selecting a frame from VMD (after loading the .dcd and .psf), I think, is not a good idea. </div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Could anyone suggest a protocol of how to extract frames from the trajectory that can be used in the next set of simulations?</div><div style="font-size:12.8000001907349px">Do I need to wrap the coordinates in vmd and then save the .pdb files?</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Suggestions will be immensely appreciated.</div><div style="font-size:12.8000001907349px"><br></div><div style="font-size:12.8000001907349px">Thanks and regards,</div><div style="font-size:12.8000001907349px">Tarak</div><div><br></div>
</div></div>