<div dir="ltr">Dear All,<div>I have finished 10 ps of QM/MM equilibration of my protein-ligand complex in NVT ensemble. Now, I need to study the chemical reaction using metadynamics method. </div><div>My question is, </div><div>How do I select a frame from the 10 ps .dcd trajectory that can be used in the meta.inp file for next step calculations?</div><div><br></div><div>DCD file does not wrap the coordinates, and thus the box information is lost (few molecules are out of the box). In that case, selecting a frame from VMD (after loading the .dcd and .psf), I think, is not a good idea. </div><div><br></div><div>Could anyone suggest a protocol of how to extract frames from the trajectory that can be used in the next set of simulations?</div><div>Do I need to wrap the coordinates in vmd and then save the .pdb files?</div><div><br></div><div>Suggestions will be immensely appreciated.</div><div><br></div><div>Thanks and regards,</div><div>Tarak<br clear="all"><div><br></div>
</div></div>