<div dir="ltr">Dear Marcella,<div><br></div><div>I have studied the tutorial you provided. I used the method to my interest aqueous H2MoO4-H2O system. I want to monitor the structural change from octahedron (MoO2(OH)2(H2O)2) to octahedron (MoO3(H2O)3), i.e., a H atom in a hydroxyl of the former structure transfering to the other hydroxyl forms the latter structure.</div><div><br></div><div>I simulate so reaction by using a cube cell with 9.86 angstrom. ~32 waters were put into the cell. Two CVs was set: 1) the coordination number of the H atom to the hydroxyl O and 2) the coordination number of the H atom to the other hydroxyl O. </div><div><br></div><div>However, the running results show when the H atom in a hydroxyl transfers to solvent, the octahedron (MoO3(OH)(H2O)2+) is unstable.  The  MoO3(OH)(H2O)2+ configuration transfers to tetrahedron MoO3(OH)-.</div><div><br></div><div>Therefore, a problem is if I can use some constraints to restraint the atoms which don't involve into the reaction.</div><div><br></div><div>Furthermore, how did you know the keywords in the cp2k software corresponding to the function or the expression? Would you have any specific manual? </div><div><br></div><div>Thanks,</div><div><br></div><div>Ning</div><div><br>在 2015年9月9日星期三 UTC+8下午11:24:27，Marcella Iannuzzi写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0;margin-left: 0.8ex;border-left: 1px #ccc solid;padding-left: 1ex;"><div dir="ltr"><div><br></div><div>Dear Ning,</div><div><br></div><div>have a look at the following tutorial on MTD:</div><div><a href="http://www.cp2k.org/exercises:2015_cecam_tutorial:mtd1" target="_blank" rel="nofollow" onmousedown="this.href='http://www.google.com/url?q\75http%3A%2F%2Fwww.cp2k.org%2Fexercises%3A2015_cecam_tutorial%3Amtd1\46sa\75D\46sntz\0751\46usg\75AFQjCNGSTHGPNhfUPx3W0BAs9o_dWiUwzA';return true;" onclick="this.href='http://www.google.com/url?q\75http%3A%2F%2Fwww.cp2k.org%2Fexercises%3A2015_cecam_tutorial%3Amtd1\46sa\75D\46sntz\0751\46usg\75AFQjCNGSTHGPNhfUPx3W0BAs9o_dWiUwzA';return true;">http://www.cp2k.org/exercises:<wbr>2015_cecam_tutorial:mtd1</a><br></div><div>regards</div><div>Marcella</div><div><br></div><br>On Monday, September 7, 2015 at 1:02:24 PM UTC+2, <a>ning....@gmail.com</a> wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">I am newer for the cp2k. I am studying the metadynamics method. I noted that colvars section in the input files includes the keywords atoms_from and atoms_to. I don't understand what does it mean? what does the R_0 stand for?? For example, see the bold text<div><br></div><div><div>&FORCE_EVAL</div><div>  METHOD Quickstep</div><div>  &DFT</div><div>    BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_SET</div><div>    POTENTIAL_FILE_NAME POTENTIAL</div><div>    &MGRID</div><div>      CUTOFF 200</div><div>    &END MGRID</div><div>    &QS</div><div>    &END QS</div><div>    &SCF</div><div>      SCF_GUESS ATOMIC</div><div>    &END SCF</div><div>    &XC</div><div>      &XC_FUNCTIONAL Pade</div><div>      &END XC_FUNCTIONAL</div><div>    &END XC</div><div>  &END DFT</div><div>  &SUBSYS</div><div>    &CELL</div><div>      ABC 5.0 5.0 5.0</div><div>    &END CELL</div><div>    &COORD</div><div>    O   0.000000    0.000000   -0.065587</div><div>    H   0.000000   -0.757136    0.520545</div><div>    H   0.000000    0.757136    0.520545</div><div>    &END COORD</div><div>    &KIND H</div><div>      BASIS_SET DZVP-GTH-PADE</div><div>      POTENTIAL GTH-PADE-q1</div><div>    &END KIND</div><div>    &KIND O</div><div>      BASIS_SET DZVP-GTH-PADE</div><div>      POTENTIAL GTH-PADE-q6</div><div>    &END KIND</div><div>   <b><i> &COLVAR</i></b></div><div><b><i>       &COORDINATION</i></b></div><div><b><i>          ATOMS_FROM 1</i></b></div><div><b><i>          ATOMS_TO 2 3</i></b></div><div><b><i>          R_0 2.3</i></b></div><div><b><i>       &END COORDINATION</i></b></div><div>    &END COLVAR</div><div>  &END SUBSYS</div><div>&END FORCE_EVAL</div><div>&GLOBAL</div><div>  PROJECT H2O-meta_coord</div><div>  RUN_TYPE MD</div><div>  PRINT_LEVEL LOW</div><div>&END GLOBAL</div><div>&MOTION</div><div>  &MD</div><div>    ENSEMBLE NVT</div><div>    STEPS 10000</div><div>    TIMESTEP 0.5</div><div>    TEMPERATURE 300.0</div><div>    &THERMOSTAT</div><div>      &NOSE</div><div>        LENGTH 3</div><div>        YOSHIDA 3</div><div>        TIMECON 100.0</div><div>        MTS 2</div><div>      &END NOSE</div><div>    &END</div><div>  &END MD</div><div>  &FREE_ENERGY</div><div>    &METADYN</div><div>      DO_HILLS</div><div>      NT_HILLS 2</div><div>      WW 1.0e-3</div><div>      &METAVAR</div><div>        SCALE 0.02</div><div>        COLVAR 1</div><div>      &END METAVAR</div><div>      &PRINT</div><div>        &COLVAR</div><div>           COMMON_ITERATION_LEVELS 3</div><div>        &END</div><div>        &HILLS</div><div>           COMMON_ITERATION_LEVELS 3</div><div>        &END</div><div>      &END</div><div>    &END METADYN</div><div>  &END</div><div>&END MOTION</div></div><div><br></div><div>Any provides are welcome.</div><div><br></div></div></blockquote></div></blockquote></div></div>