<div dir="ltr">Dear Marcella,<div><br></div><div>Thanks you for your reply. I have understand now.</div><div><br></div><div><div> <b><i> &COLVAR</i></b></div><div><b><i>  Â  Â  Â &COORDINATION</i></b></div><div><b><i>  Â  Â  Â  Â  ATOMS_FROM 1</i></b></div><div><b><i>  Â  Â  Â  Â  ATOMS_TO 2 3</i></b></div><div><b><i>  Â  Â  Â  Â  R_0 2.3</i></b></div><div><b><i>  Â  Â  Â &END COORDINATION</i></b></div></div><div><br></div><div>  I can understand the section above that the "number" of atoms of type 2 <b><i>and type 3</i></b> that are within a given radius (2.3) from atoms of type 1, in average, right??</div><div><br></div><div> Furthermore, the output results included a file "***-COLVAR.metadynLog",</div><div><div> <i> 0.00000000 Â  Â  Â 1.61674 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  0.50000000 Â  Â  Â 1.61884 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  1.00000000 Â  Â  Â 1.61648 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00100 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  1.50000000 Â  Â  Â 1.60987 Â  Â  -0.01564 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00095 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  2.00000000 Â  Â  Â 1.59765 Â  Â  -0.03022 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00164 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  2.50000000 Â  Â  Â 1.57905 Â  Â  -0.04642 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00082 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  3.00000000 Â  Â  Â 1.55352 Â  Â  -0.01078 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00109 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  3.50000000 Â  Â  Â 1.52892 Â  Â  -0.02935 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00047 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  4.00000000 Â  Â  Â 1.50514 Â  Â  -0.00649 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00105 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  4.50000000 Â  Â  Â 1.48856 Â  Â  -0.03022 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00071 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  5.00000000 Â  Â  Â 1.47702 Â  Â  -0.02630 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00137 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  0.00000000 Â  Â  Â 1.61674 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  0.50000000 Â  Â  Â 1.61884 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  1.00000000 Â  Â  Â 1.61648 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00100 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  1.50000000 Â  Â  Â 1.60987 Â  Â  -0.01564 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00095 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  2.00000000 Â  Â  Â 1.59765 Â  Â  -0.03022 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00164 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  2.50000000 Â  Â  Â 1.57905 Â  Â  -0.04642 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00082 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  3.00000000 Â  Â  Â 1.55352 Â  Â  -0.01078 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00109 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  3.50000000 Â  Â  Â 1.52892 Â  Â  -0.02935 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00047 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  4.00000000 Â  Â  Â 1.50514 Â  Â  -0.00649 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00105 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  4.50000000 Â  Â  Â 1.48856 Â  Â  -0.03022 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00071 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>  Â  Â  5.00000000 Â  Â  Â 1.47702 Â  Â  -0.02630 Â  Â  Â 0.00000 Â  Â  Â 0.00137 Â  Â  Â 0.00000</i></div><div><i>......</i></div><div><br></div><div><br></div><div>and a file "***-HILLS.metadynLog"</div><div><br></div><div><div> <i> Â  Â  Â  Â 1.0 Â  Â  Â 1.61648 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  Â 2.0 Â  Â  Â 1.59765 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  Â 3.0 Â  Â  Â 1.55352 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  Â 4.0 Â  Â  Â 1.50514 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  Â 5.0 Â  Â  Â 1.47702 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  Â 1.0 Â  Â  Â 1.61648 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  Â 2.0 Â  Â  Â 1.59765 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  Â 3.0 Â  Â  Â 1.55352 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  Â 4.0 Â  Â  Â 1.50514 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  Â 5.0 Â  Â  Â 1.47702 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  Â 6.0 Â  Â  Â 1.47374 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  Â 7.0 Â  Â  Â 1.49936 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  Â 8.0 Â  Â  Â 1.57313 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  Â 9.0 Â  Â  Â 1.64781 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  10.0 Â  Â  Â 1.69384 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  11.0 Â  Â  Â 1.68170 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  12.0 Â  Â  Â 1.61092 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  13.0 Â  Â  Â 1.51437 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  14.0 Â  Â  Â 1.44559 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  15.0 Â  Â  Â 1.39573 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  16.0 Â  Â  Â 1.40930 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  17.0 Â  Â  Â 1.48566 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  18.0 Â  Â  Â 1.58976 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  19.0 Â  Â  Â 1.68096 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  20.0 Â  Â  Â 1.72275 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  21.0 Â  Â  Â 1.70510 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  22.0 Â  Â  Â 1.62193 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  23.0 Â  Â  Â 1.50355 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div><div><i>  Â  Â  Â  24.0 Â  Â  Â 1.40440 Â  Â  Â 0.02000 Â  Â  Â 0.00100</i></div></div><div><i>.......</i></div><div><br></div><div>But I don't understand what does every column stand for? Would you help me? How can I get the figure of FES VS CV? </div><div><br></div><div>Thanks.</div><div><br></div><div>Ning</div><div><br></div><br>在 2015å¹´9月8日星期二 UTC+8下午3:22:25，Marcella Iannuzzi写道：<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear .....<div><br></div><div>Every COLVAR has different keywords depending on its functional definition.</div><div>In the specific case, the coordination is defined as the "number" of atoms of type 2 that are within a given radius from atoms of type 1, in average.</div><div>Regards</div><div>Marcella<br><br>On Monday, September 7, 2015 at 1:02:24 PM UTC+2, <a>ning....@gmail.com</a> wrote:<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0;margin-left:0.8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">I am newer for the cp2k. I am studying the metadynamics method. I noted that colvars section in the input files includes the keywords atoms_from and atoms_to. I don't understand what does it mean? what does the R_0 stand for?? For example, see the bold text<div><br></div><div><div>&FORCE_EVAL</div><div>  METHOD Quickstep</div><div>  &DFT</div><div>  Â  BASIS_SET_FILE_NAME BASIS_SET</div><div>  Â  POTENTIAL_FILE_NAME POTENTIAL</div><div>  Â  &MGRID</div><div>  Â  Â  CUTOFF 200</div><div>  Â  &END MGRID</div><div>  Â  &QS</div><div>  Â  &END QS</div><div>  Â  &SCF</div><div>  Â  Â  SCF_GUESS ATOMIC</div><div>  Â  &END SCF</div><div>  Â  &XC</div><div>  Â  Â  &XC_FUNCTIONAL Pade</div><div>  Â  Â  &END XC_FUNCTIONAL</div><div>  Â  &END XC</div><div>  &END DFT</div><div>  &SUBSYS</div><div>  Â  &CELL</div><div>  Â  Â  ABC 5.0 5.0 5.0</div><div>  Â  &END CELL</div><div>  Â  &COORD</div><div>  Â  O Â  0.000000 Â  Â 0.000000 Â  -0.065587</div><div>  Â  H Â  0.000000 Â  -0.757136 Â  Â 0.520545</div><div>  Â  H Â  0.000000 Â  Â 0.757136 Â  Â 0.520545</div><div>  Â  &END COORD</div><div>  Â  &KIND H</div><div>  Â  Â  BASIS_SET DZVP-GTH-PADE</div><div>  Â  Â  POTENTIAL GTH-PADE-q1</div><div>  Â  &END KIND</div><div>  Â  &KIND O</div><div>  Â  Â  BASIS_SET DZVP-GTH-PADE</div><div>  Â  Â  POTENTIAL GTH-PADE-q6</div><div>  Â  &END KIND</div><div>  Â <b><i> &COLVAR</i></b></div><div><b><i>  Â  Â  Â &COORDINATION</i></b></div><div><b><i>  Â  Â  Â  Â  ATOMS_FROM 1</i></b></div><div><b><i>  Â  Â  Â  Â  ATOMS_TO 2 3</i></b></div><div><b><i>  Â  Â  Â  Â  R_0 2.3</i></b></div><div><b><i>  Â  Â  Â &END COORDINATION</i></b></div><div>  Â  &END COLVAR</div><div>  &END SUBSYS</div><div>&END FORCE_EVAL</div><div>&GLOBAL</div><div>  PROJECT H2O-meta_coord</div><div>  RUN_TYPE MD</div><div>  PRINT_LEVEL LOW</div><div>&END GLOBAL</div><div>&MOTION</div><div>  &MD</div><div>  Â  ENSEMBLE NVT</div><div>  Â  STEPS 10000</div><div>  Â  TIMESTEP 0.5</div><div>  Â  TEMPERATURE 300.0</div><div>  Â  &THERMOSTAT</div><div>  Â  Â  &NOSE</div><div>  Â  Â  Â  LENGTH 3</div><div>  Â  Â  Â  YOSHIDA 3</div><div>  Â  Â  Â  TIMECON 100.0</div><div>  Â  Â  Â  MTS 2</div><div>  Â  Â  &END NOSE</div><div>  Â  &END</div><div>  &END MD</div><div>  &FREE_ENERGY</div><div>  Â  &METADYN</div><div>  Â  Â  DO_HILLS</div><div>  Â  Â  NT_HILLS 2</div><div>  Â  Â  WW 1.0e-3</div><div>  Â  Â  &METAVAR</div><div>  Â  Â  Â  SCALE 0.02</div><div>  Â  Â  Â  COLVAR 1</div><div>  Â  Â  &END METAVAR</div><div>  Â  Â  &PRINT</div><div>  Â  Â  Â  &COLVAR</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â COMMON_ITERATION_LEVELS 3</div><div>  Â  Â  Â  &END</div><div>  Â  Â  Â  &HILLS</div><div>  Â  Â  Â  Â  Â COMMON_ITERATION_LEVELS 3</div><div>  Â  Â  Â  &END</div><div>  Â  Â  &END</div><div>  Â  &END METADYN</div><div>  &END</div><div>&END MOTION</div></div><div><br></div><div>Any provides are welcome.</div><div><br></div></div></blockquote></div></div></blockquote></div></div>