<div dir="ltr">Dear All, <div>I am running a QM/MM simulation with my protein-ligand complex. I have a query on the MM Radii parameters that are being used in the calculation. </div><div><br></div><div>In several example, I notice people are using different parameters (deviate a little though). An old discussion on the MM Radii is in the following link, </div><div><div><a href="https://groups.google.com/forum/#!searchin/cp2k/MM$20radii/cp2k/XttA_KUVLpk/jeh_-m0AlY0J">https://groups.google.com/forum/#!searchin/cp2k/MM$20radii/cp2k/XttA_KUVLpk/jeh_-m0AlY0J</a><br></div><div><br></div><div>Lately, I came across a paper [<a href="http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2008/DT/b801115j#!divAbstract">http://pubs.rsc.org/en/Content/ArticleLanding/2008/DT/b801115j#!divAbstract</a>] with the revised covalent radii. Are the parameters present in this paper good enough to be used in my QM/MM simulations?</div><div><br></div><div><img src="cid:ii_14fa75b597100855" alt="Inline image 1" width="503" height="206"><br></div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks, </div><div>Tarak</div><div><br></div><div><br></div>
</div></div>